為了闡明幽門(mén)狹窄的病因和發(fā)病機理，多年來(lái)進(jìn)行大量研究工作，包括病理檢查、動(dòng)物模型的建立、胃腸激素的檢測、病毒分離、遺傳學(xué)研究等，但病因至今尚無(wú)定論。
(一)遺傳因素 在病因學(xué)上起著(zhù)很重要的作用。發(fā)病有明顯的家族性，甚至一家中母親和7個(gè)兒子同病，且在單卵雙胎比雙卵雙胎多見(jiàn)。雙親有幽門(mén)狹窄史的子女發(fā)病率可高達6.9%。若母親有此病史，則其子發(fā)病的概率為19%，其女為7%;父親有此病史者，則分別為5.5%和2.4%。經(jīng)過(guò)研究指出幽門(mén)狹窄的遺傳機理是多基因性，既非隱性遺傳亦非伴性遺傳，而是由一個(gè)顯性基因和一個(gè)性修飾多因子構成的定向遺傳基因。這種遺傳傾向受一定的環(huán)境因素而起作用，如社會(huì )階層、飲食種類(lèi)、各種季節等，發(fā)病以春秋季為高，但其相關(guān)因素不明。常見(jiàn)于高體重的男嬰，但與胎齡的長(cháng)短無(wú)關(guān)。
(二)神經(jīng)功能 主要從事幽門(mén)腸肌層神經(jīng)叢的研究者，發(fā)現神經(jīng)節細胞直至生后2～4周才發(fā)育成熟，因此，許多學(xué)者認為神經(jīng)細胞發(fā)育不良是引起幽門(mén)肌肉肥厚的機理，而否定過(guò)去幽門(mén)神經(jīng)節細胞變性導致病變的學(xué)說(shuō)，運用組織化學(xué)分析法測定幽門(mén)神經(jīng)節細胞內酶的活性;但也有持不同意見(jiàn)者，觀(guān)察到幽門(mén)狹窄的神經(jīng)節細胞與胎兒并無(wú)相同之處，如神經(jīng)節細胞發(fā)育不良是原因，則早產(chǎn)兒發(fā)病應多于足月兒，然而二者并無(wú)差異。近年研究認為肽能神經(jīng)的結構改變和功能不全可能是主要病因之一，通過(guò)免疫熒光技術(shù)觀(guān)察到環(huán)肌中含腦啡肽和血管活性腸肽神經(jīng)纖維數量明顯減少，應用放射免疫法測定組織中P物質(zhì)含量減少，由此推測這些肽類(lèi)神經(jīng)的變化與發(fā)病有關(guān)。
(三)胃腸激素 有實(shí)驗給孕狗服用五肽胃泌素，結果所生小狗發(fā)生幽門(mén)狹窄的比例很高。并發(fā)現孕婦在懷孕末期3～4月時(shí)血清胃泌素濃度相對很高。據此認為孕婦在懷孕后期由于情緒焦慮使血清胃泌素濃度升高，并通過(guò)胎盤(pán)進(jìn) 入胎兒，加以胎兒的定向遺傳基因作用，引起幽門(mén)長(cháng)期痙攣梗阻，幽門(mén)擴張又刺激G細胞分泌胃泌素，因而發(fā)病。但其他學(xué)者重復測定胃泌素，部分報告增高，部分 卻無(wú)異常變化。即使在胃泌素升高的病例中，也不能推斷是幽門(mén)狹窄的原因還是結果，因在手術(shù)后1周有些病例胃泌素恢復到正常水平，有些反而升高。近年研究胃腸道刺激素，測定血清和胃液中前列腺素(E2和E2a)濃度，提示患兒胃液中含量明顯升高，由此提示發(fā)病機理是幽門(mén)肌層局部激素濃度增高使肌肉處于持續緊張狀態(tài)，而致發(fā)病。亦有人對血清膽囊收縮素進(jìn)行研究，結果無(wú)異常變化。
(四)肌肉功能性肥厚 有學(xué)者通過(guò)細致觀(guān)察研究，發(fā)現有些出生7～10天嬰兒將凝乳塊強行通過(guò)狹窄的幽門(mén)管的征象。由此認為這種機械性刺激可造成粘膜水腫增厚。另一方面也導致大腦皮層對內臟的 功能失調，使幽門(mén)發(fā)生痙攣。二種因素促使幽門(mén)狹窄形成嚴重梗阻而出現癥狀。但亦有持否定意見(jiàn)，認為幽門(mén)痙攣首先引起幽門(mén)肌肉的功能性肥厚是不恰當的，因為 肥厚的肌肉主要是環(huán)肌，況且痙攣應引起某些先期癥狀，然而在某些嘔吐發(fā)作而很早進(jìn)行手術(shù)的病例中，通常發(fā)現腫塊已經(jīng)形成，腫塊大小與年齡的病程長(cháng)短無(wú)關(guān)。 肌肉肥厚到一定的臨界值時(shí)，才表現幽門(mén)梗阻征。
(五)環(huán)境因素 發(fā)病率有明顯的季節性高峰，以春秋季為主，在活檢的組織切片中發(fā)現神經(jīng)節細胞周?chē)邪准毎櫋Ｍ茰y可能與病毒感染有關(guān)，但檢測患兒及其母親的血、糞和咽部均未能分離出柯薩奇病毒。檢測血清中和抗體亦無(wú)變化。用柯薩奇病毒感染動(dòng)物亦未見(jiàn)病理改變，研究在繼續中。
主要病理改變是幽門(mén)肌層肥厚，尤以環(huán)肌為著(zhù)，但亦同樣表現在縱肌和彈力纖維。幽門(mén)部呈橄欖形，質(zhì)硬有彈性。當肌肉痙攣時(shí)則更為堅硬。一般長(cháng)2～2.5cm，直徑0.5～1cm，肌層厚0.4～0.6cm，在年長(cháng)兒腫塊還要大些。但大小與癥狀嚴重程度和病程長(cháng)短無(wú)關(guān)。腫塊表面覆有腹膜且甚光滑，但由于血供受壓力影響而部分受阻，因此色澤顯得蒼白。環(huán)肌纖維增多且肥厚，肌肉似砂礫般堅硬，肥厚的肌層擠壓粘膜呈縱形皺襞，使管腔狹小，加以粘膜水腫，以后出現炎癥，使管腔更顯細小，在尸解標本上幽門(mén)僅能通過(guò)1mm的探針。狹細的幽門(mén)管向胃竇部移行時(shí)腔隙呈錐形逐漸變寬，肥厚的肌層則逐漸變薄，二者之間無(wú)精確的分界。但在十二指腸側界限明顯，因胃壁肌層與十二指腸肌層不相連續，肥厚的幽門(mén)腫塊突然終止且凸向十二指腸腔內，形似子宮頸樣結構。組織學(xué)檢查見(jiàn)肌層增生、肥厚，肌纖維排列紊亂，粘膜水腫、充血。
由于幽門(mén)梗阻，近側胃擴張，壁增厚，粘膜皺襞增多且水腫，并因胃內容物滯留，常導致粘膜炎癥和糜爛，甚至有潰瘍。