9月16日，浙江大學(xué)秦楠研究員、李蘭娟院士及法國農業(yè)科學(xué)院DuskoEhrlich教授在Nature雜志上撰文答同行學(xué)術(shù)質(zhì)疑，與弗吉尼亞州立聯(lián)邦大學(xué)及McGuire醫學(xué)中心的JasmohanS.Bajaj及PatrickM.Gillevet教授之間展開(kāi)了激烈的學(xué)術(shù)碰撞。爭論的焦點(diǎn)為去年7月24日，原作者在Nature上發(fā)表的"Alterationsofthehumangutmicrobiomeinlivercirrhosis"一文，該研究通過(guò)定量宏基因組的方法揭示了腸道菌群與肝硬化的秘密，給全球醫學(xué)科技研究提供新思路。

　　現代醫學(xué)根據肝硬化疾病的嚴重程度將其分為代償患者(CompensatedPatient，CP)及失代償患者(Decompensated，DP，是肝硬化非常嚴重或晚期的病人)。原Nature論文中對失代償患者的腸道菌群進(jìn)行了定量宏基因組檢測（實(shí)驗組中存在65%的失代償患者，驗證組中存在76%的失代償患者）。基于這種實(shí)驗分組，Bajaj教授對"基于腸道菌群進(jìn)行肝硬化診斷方法"的可靠性提出了質(zhì)疑，而且，Bajaj教授認為：對于失代償患者的診斷來(lái)說(shuō)，臨床上一些簡(jiǎn)單便宜的方法就能判斷，不需要通過(guò)復雜的定量宏基因組方法獲得標記物（15個(gè)高特異性和靈敏性的微生物基因）。

　　為了證明這種基于腸道菌群肝硬化診斷方法的可靠性，秦楠博士在代償性患者中進(jìn)行了檢驗。這些代償性肝硬化病人里面沒(méi)有肝腹水和肝性腦病這些重癥肝硬化病人。在原Nature論文中，基于98個(gè)病人、83個(gè)健康人的數據，提出了利用了15個(gè)微生物標記物（biomarkers）構建一個(gè)醫學(xué)分類(lèi)器的診斷方法，這個(gè)分類(lèi)器可以很好的將實(shí)驗組（discoverycohort，AUC=0.95）和驗證組（validationcohort，AUC=0.94）中的病人和健康人區分出來(lái)。在秦楠博士的檢驗實(shí)驗中，這種方法對于代償性肝硬化病人（CP，數量有54或57個(gè)病人）分類(lèi)效果依然很好，AUC達到了0.95。這表明盡管原實(shí)驗樣品中包含很多DP樣品，但并不影響分類(lèi)器的準確性。

　　對于原文中宏基因組的分析結果，Bajaj教授也提出了自己的質(zhì)疑。Bajaj教授通過(guò)對meta數據的進(jìn)一步分析以及另外360個(gè)樣本的分析認為CP與DP的腸道菌群間存在很大差異。原Nature論文通過(guò)基因標記物的聚類(lèi)分析共發(fā)現66個(gè)細菌基因簇（MGS），其中28種MGS與肝硬化密切相關(guān)，38種與健康人密切相關(guān)。Bajaj教授通過(guò)LEfSe對MGS聚類(lèi)結果進(jìn)行分析，結果發(fā)現17種MGS在CP和DP之間存在明顯差異，10種MGS在DP中富集，另7種MGS在CP中富集（圖1a）。另外，Bajaj教授收集了年齡相近的接近300例糞便樣品（45個(gè)健康人，年齡為54±3；171個(gè)代償患者，年齡為54±3，平均Child-Pugh評分為6；141個(gè)代償患者，年齡為55±2，平均Child-Pugh評分為9）進(jìn)行16S核糖體RNA基因焦磷酸測序（MTPS），結果發(fā)現CP與DP的腸道菌群間存在很大差異。

　　究竟CP與DP的腸道菌群之間的差異性有什么區別？能否通過(guò)微生物標記物對健康人和肝硬化患者進(jìn)行區分？對此，秦楠博士及法國的合作者對兩組不同程度疾病的病人組中存在的MGS進(jìn)行了更深入的分析。

　　秦楠博士在這兩組不同嚴重程度的病人組中發(fā)現，有66個(gè)種在他們兩組中都有富集，另外有30個(gè)MGS在實(shí)驗組（discoverycohort，CPn=45；DPn=54）中發(fā)現，不過(guò)其中有13個(gè)并沒(méi)有出現在之前的66個(gè)種里。并且可以利用這79個(gè)種（66+13=79）構建更好的醫學(xué)分類(lèi)器。重新通過(guò)14個(gè)MGS構建了新的分類(lèi)器，依然可以將失代償性肝硬化病人（DP）和代償性肝硬化病人（CP）在實(shí)驗組（discoverycohort，CPn=45；DPn=54）以AUC=0.87較好地區分出來(lái)，在驗證組（validationcohort，CPn=9；DPn=16）以AUC=0.84較好地區分出來(lái)。這些分析證實(shí)了之前Nature文章的發(fā)現，即腸道菌群的改變確實(shí)和疾病的嚴重程度有關(guān)。但它并沒(méi)有像Bajaj教授說(shuō)的那樣菌群隨疾病的變化是突變式的，更有可能是漸進(jìn)式的。

　　另外，Bajaj教授也對影響腸道菌群的其它因素提出了疑問(wèn)。他認為，藥物和阻斷劑等會(huì )對檢測結果有重要影響，并懷疑在原文中發(fā)現的健康人和病人的菌群差異有可能是藥物和阻斷劑導致的。

　　但秦楠博士的進(jìn)一步分析發(fā)現這個(gè)分類(lèi)效果并不受藥物影響，在用藥組（數量有52個(gè)病人）和非用藥組（數量有71個(gè)病人），分類(lèi)效果對應的AUC也都達到了0.95，效果很好。對于β阻斷劑用者（數量11人）和沒(méi)有用β阻斷劑者（數量112人），AUC分別為0.95和0.96。對于使用PPI（數量70人）和不使用PPI者（數量53人），對應的AUC分別為0.96和0.93。這些都說(shuō)明原Nature論文中利用微生物標記物構建的分類(lèi)器效果不受這些因素的影響，仍舊可以很好的將肝硬化病人和健康人區分開(kāi)來(lái)，作者們認為這是基于16S核糖體RNA基因測序所不能得到的信息。

　　Bajaj教授還提出了很多影響腸道菌群的因素，包括肝性腦病，感染以及飲食，認為這些會(huì )很大干擾原Nature論文中的研究結果。

　　對此，秦楠博士及法國合作者在回文中解釋道：短期的營(yíng)養改變（比如醫院飲食）一般對腸道微生物只有非常有限的影響，長(cháng)期的飲食習慣對菌群才有更大的影響，但在選取的中國肝硬化患者和健康對照組中，這些都沒(méi)有明顯的不同。

　　秦楠博士表示，糖尿病患者已經(jīng)被排除在他們的選樣范圍之外。口腔菌群進(jìn)入腸道并沒(méi)有在先前Nature發(fā)表的T2D文章里報道過(guò)，雖然應用定量宏基因組學(xué)技術(shù)他們很自然就能揭示它們存在。

　　總而言之，在"Decompensatedcirrhosisandmicrobiomeinterpretation"一文中，秦楠博士及合作者對Bajaj教授的疑問(wèn)進(jìn)行了堅定的反駁。同時(shí)呼吁廣大研究人員，在菌群研究中，不能簡(jiǎn)單的認為菌群的改變僅僅是患病的"偶然因素"，忽視真實(shí)存在的與肝硬化疾病具有強關(guān)聯(lián)證據的腸道菌群的改變。秦楠博士認為對于代償性肝硬化病人（CP）的檢測，基于腸道菌群進(jìn)行非創(chuàng )傷性醫學(xué)診斷手段，應該逐漸代替具有損傷的舊式的診斷手段比如肝組織活檢。另外，相較于簡(jiǎn)單的16S核糖體RNA測序，定量宏基因組的方法分辨率更高，可以從菌群及功能基因多方面研究疾病與腸道菌群之間的關(guān)系。

　　本論著(zhù)的第一作者為浙大一院傳染病診治國家重點(diǎn)實(shí)驗室及感染性疾病診治協(xié)同創(chuàng )新中心秦楠博士。通訊作者為浙大一院傳染病診治國家重點(diǎn)實(shí)驗室及感染性疾病診治協(xié)同創(chuàng )新中心主任李蘭娟院士及法國農業(yè)科學(xué)院Metagenopolis研究所主任S.DuskoEhrlich教授。

　　論著(zhù)作者介紹：

　　秦楠，男，浙江大學(xué)感染性疾病協(xié)同創(chuàng )新中心研究員，博士生導師，國際人體微生物組協(xié)會(huì )(InternationalHumanMicrobiomeConsortium)秘書(shū)長(cháng)，浙江大學(xué)傳染病診治國家重點(diǎn)實(shí)驗室基因組學(xué)平臺負責人，中國預防醫學(xué)會(huì )微生態(tài)分會(huì )常務(wù)委員，青年委員會(huì )副主任委員，消化與營(yíng)養組副組長(cháng)。于2002年山東大學(xué)生命科學(xué)院本科畢業(yè)，2008年獲得美國弗吉尼亞理工大學(xué)生命科學(xué)微生物學(xué)方向博士學(xué)位，同年加入華大基因擔任微生物基因組部門(mén)負責人。2011年加入浙江大學(xué)醫學(xué)院組建了二代測序及生物信息平臺并擔任負責人，參與我國微生態(tài)領(lǐng)域唯一的973計劃《腸道細菌微生態(tài)與感染和代謝的研究》，旨在建立腸道菌群的宏基因組、宏轉錄組和腸道單菌全基因組數據庫；闡明腸道微生態(tài)失衡與宿主代謝、免疫調控的網(wǎng)絡(luò )作用關(guān)系及其在感染發(fā)生發(fā)展中的作用機理；探索腸道菌群重建，新型微生態(tài)干預防治感染的新策略和新方法。除了感染性疾病研究，秦博士研究領(lǐng)域還包括腫瘤，代謝類(lèi)疾病，自身性免疫疾病與腸道菌群的關(guān)系，這些研究的長(cháng)期目標是開(kāi)發(fā)人類(lèi)健康相關(guān)的腸道微生態(tài)診斷預防及治療的新技術(shù)。多項研究成果發(fā)表在Nature、Science、NatureGenetics、PNAS、PlosBiology等國際頂尖學(xué)術(shù)期刊上。