本病應與下列疾病鑒別：

　　1.脊髓腫瘤 脊髓髓外與髓內腫瘤都可以造成局限性肌萎縮以及節段性感覺(jué)障礙，在腫瘤病例中脊髓灰質(zhì)內的星形細胞瘤或室管膜瘤分泌出蛋白性液體積聚在腫瘤上、下方使脊髓的直徑加寬，脊柱后柱側突及神經(jīng)系統癥狀可以類(lèi)似脊髓空洞癥，尤其是位于下頸髓部位有時(shí)難以鑒別。但腫瘤病例病程進(jìn)展較快，根痛常見(jiàn)，營(yíng)養障礙少見(jiàn)。早期腦脊液中蛋白有所增高，可以與本病相區別。對疑難病例CT、MRI可鑒別。

　　2.頸椎骨關(guān)節病 可以造成上肢肌肉萎縮以及長(cháng)束征象，但根痛常見(jiàn)，病變水平明顯的節段性感覺(jué)障礙是少見(jiàn)的。頸椎攝片、必要時(shí)做脊髓造影以及頸椎CT或MRI有助于證實(shí)診斷。

　　3.頸肋 可以造成手部小肌肉局限性萎縮以及感覺(jué)障礙，伴有或不伴有鎖骨下動(dòng)脈受壓的證據，而且由于在脊髓空洞癥中常伴有頸肋，診斷上可以發(fā)生混淆。不過(guò)，頸肋造成的感覺(jué)障礙通常局限于手及前臂的尺側部位，觸覺(jué)障礙較痛覺(jué)障礙更為嚴重，上臂腱反射不受影響，而且沒(méi)有長(cháng)束征，當能做出鑒別，頸椎攝片也有助于建立診斷。

　　4.尺神經(jīng)麻痹 可產(chǎn)生骨間肌及中間兩個(gè)蚓狀肌的局限性萎縮。但感覺(jué)障礙相對的比較輕微而局限，觸覺(jué)及痛覺(jué)一樣受累，在肘后部位的神經(jīng)通常有壓痛。

　　5.麻風(fēng) 可以引起感覺(jué)消失，上肢肌肉萎縮，手指潰瘍。但有正中、尺及橈神經(jīng)及臂叢神經(jīng)干的增粗，軀干上可以有散在的脫色素斑。

　　6.梅毒 可以在兩方面疑似脊髓空洞癥。在少見(jiàn)的增殖性硬脊膜炎中，可以出現上肢感覺(jué)障礙、萎縮以及無(wú)力和下肢錐體束征，但脊髓造影可以顯示蛛網(wǎng)膜下腔阻塞，而且病程進(jìn)展也較脊髓空洞癥更為迅速。脊髓的梅毒瘤可以表現出髓內腫瘤的征象，不過(guò)病程的進(jìn)展性破壞迅速而且梅毒血清反應陽(yáng)性。

　　7.肌萎縮性側索硬化癥 不容易與脊髓空洞癥相混淆，因為它不引起感覺(jué)異常或感覺(jué)缺失。

　　8.穿刺傷或骨折移位 有時(shí)可引起髓內出血，聚集在與脊髓空洞癥相同的脊髓平面內，但損傷病史及X線(xiàn)片中的脊椎損傷證據均足以提供鑒別的依據。