1.脊髓內(nèi)腫瘤和腦干腫瘤 脊髓髓外與髓內(nèi)腫瘤都可以造成局限性肌萎縮以及節(jié)段性感覺障礙，在腫瘤病例中脊髓灰質(zhì)內(nèi)的星形細(xì)胞瘤或室管膜瘤分泌出蛋白性液體積聚在腫瘤上、下方使脊髓的直徑加寬脊柱后柱側(cè)突及神經(jīng)系統(tǒng)癥狀可以類似脊髓空洞癥尤其是位于下頸髓部位有時難以鑒別。但腫瘤病例病程進(jìn)展較快，根痛常見，營養(yǎng)障礙少見。早期腦脊液中蛋白有所增高可以與本病相區(qū)別對疑難病例CTMRI可鑒別。好發(fā)于兒童和少年，多有明顯的交叉性麻痹，病程短，發(fā)展快，晚期可有顱壓增高現(xiàn)象。

　　2.頸椎骨關(guān)節(jié)病 雖可有上肢的肌萎縮及節(jié)段性感覺障礙，但無淺感覺分離，根性疼痛多見，肌萎縮常較輕，一般無營養(yǎng)障礙，病變水平明顯的節(jié)段性感覺障礙是少見的頸椎攝片、必要時做脊髓造影以及頸椎CT或MRI有助于證實診斷

　　3.頸肋 可以造成手部小肌肉局限性萎縮以及感覺障礙伴有或不伴有鎖骨下動脈受壓的證據(jù)，而且由于在脊髓空洞癥中常伴有頸肋，診斷上可以發(fā)生混淆。不過頸肋造成的感覺障礙通常局限于手及前臂的尺側(cè)部位，觸覺障礙較痛覺障礙更為嚴(yán)重上臂腱反射不受影響，而且沒有長束征，當(dāng)能做出鑒別頸椎攝片也有助于建立診斷。

　　4.梅毒 可以在兩方面疑似脊髓空洞癥在少見的增殖性硬脊膜炎中，可以出現(xiàn)上肢感覺障礙萎縮以及無力和下肢錐體束征，但脊髓造影可以顯示蛛網(wǎng)膜下腔阻塞而且病程進(jìn)展也較脊髓空洞癥更為迅速脊髓的梅毒瘤可以表現(xiàn)出髓內(nèi)腫瘤的征象，不過病程的進(jìn)展性破壞迅速而且梅毒血清反應(yīng)陽性。