常規方法：觸摸法，探針檢查、注入染色劑、灌注雙氧水、介入法低位切開(kāi)高位乳膠管引流法、雙氧水灌注法。
雙氧水灌注法適應各種瘺、尤其是高位 復雜的。 方法：在喇叭型肛門(mén)鏡下在直腸內齒線(xiàn)上方塞3到4個(gè)干棉球，防止雙氧水流入直腸腔燒妁腸黏膜。將裝有雙氧水的針管接上一細塑料管插入肛簍外口，將外口用紗布適度壓緊，從外口向管道內緩慢推注，在肛鏡下可見(jiàn)白色泡沫從內口流出。
介入法對復雜性難治性肛瘺診斷也很重要，有以下兩種常用：
碘油檢查面：檢查前清潔腸道，在X線(xiàn)的指引下，從外口緩慢注入造影劑，然后在透視下，從不同位置進(jìn)行觀(guān)察和攝片。
超聲：復雜性難治性肛瘺超聲可以準確的診斷和有效的治療。傳統的外科手術(shù)容易形成肛瘺，超聲能準確地確定肛周?chē)撃[的部位、大小、輪廓、形態(tài)以及與周?chē)M織的關(guān)系，同時(shí)可以確定膿腫是否完全液化，不僅如些，超聲可以準確地確定穿刺部位，進(jìn)針?lè )较蚝徒嵌纫约吧疃取亩耆氐住⒏蓛舻匾鳌?/p>