3月29日，學術期刊CellResearch在線發(fā)表了中國科學院上海生命科學研究院計算生物學研究所楊力研究組關于環(huán)形RNA研究的最新進展。研究組利用建立的新型計算分析流程（CIRCpseudo），首次揭示哺乳動物基因組中蘊含環(huán)形RNA來源的假基因，其中小鼠circSATB1來源的假基因序列可以與CTCF結合，提示這種環(huán)形RNA來源的假基因序列具有調(diào)控基因表達的潛能，以全新的視角揭示環(huán)形RNA可以通過逆轉座插入到基因組中進而改變基因組遺傳信息以及調(diào)控基因表達的潛能。

　　隨著新的測序以及相應計算生物學分析方法的發(fā)展和應用，反向剪接產(chǎn)生的環(huán)形RNA在許多物種中被大量發(fā)現(xiàn)。楊力研究組與上海生科院生物化學與細胞生物學研究所陳玲玲研究組開展合作，利用建立的新型計算生物學手段（CIRCexplorer）在轉錄組大數(shù)據(jù)中系統(tǒng)發(fā)現(xiàn)特殊反向剪接的發(fā)生，揭示反向剪接發(fā)生的RNA序列基礎及其調(diào)控的普遍性規(guī)律，全面展示RNA反向剪接成環(huán)的多樣性和復雜性（Zhangetal.，Cell2014）。

　　在最新的這項研究工作中，科研人員建立并利用另一種全新的計算分析流程（CIRCpseudo），在基因組水平上系統(tǒng)發(fā)掘環(huán)形RNA來源的假基因序列?？蒲腥藛T發(fā)現(xiàn)，在小鼠的基因組中存在至少42個circRFWD2來源的假基因序列。更為有意思的是，circSATB1來源的小鼠假基因序列可以與CTCF/Rad21結合，提示環(huán)形RNA分子在逆轉座插入到基因組中改變基因組遺傳信息的同時，也進一步提供了調(diào)控基因表達的新潛能。

　　值得一提的是，在人的基因組中不存在這種circSATB1來源的假基因序列，因此也不存在該位點的CTCF結合。環(huán)形RNA來源假基因的發(fā)現(xiàn)，一方面揭示了環(huán)形RNA轉錄本通過逆轉座改變基因組的遺傳信息，另一方面也提出了更多有待回答的問題。比如：是否還有更多的環(huán)形RNA來源的假基因（在其它物種中）尚未被發(fā)現(xiàn)？環(huán)形RNA逆轉座的分子機制是什么？與線性RNA來源的假基因有何異同？與線性RNA來源的假基因相比，環(huán)形RNA來源的假基因數(shù)量相對較少的原因是什么？環(huán)形RNA來源的假基因是否有表達的潛能？回答這些問題需要更多的深入研究。

　　該研究工作由博士研究生董瑞、張曉鷗和馬旭凱在研究員楊力的指導下完成，得到了生化與細胞所研究員陳玲玲及其博士研究生張楊的大力支持。該項研究得到了科技部和基金委的經(jīng)費支持。