囊型棘球蚴病的潛伏期冗長(cháng)。臨床表現視其寄生部位，囊腫大小與有無(wú)并發(fā)癥而異。病程早期無(wú)自覺(jué)癥狀，患者全身健康狀況良好。
1.肝囊型包蟲(chóng)病 最為常見(jiàn)，多位于右葉(80%～85%)，常接近肝臟表面，故主要癥狀是右上腹或上腹部無(wú)痛性腫塊，表面光滑，質(zhì)度較堅。極少數患者(2%～3%)叩診時(shí)可觸到包蟲(chóng)震顫，因子囊互相撞擊引起囊壁震動(dòng)所致。巨大肝右葉包蟲(chóng)囊患者的肝臟左葉常有代償性腫大。左葉包蟲(chóng)囊的體征出現較早且較顯著(zhù)。肝臟右葉頂部的包蟲(chóng)囊向上生長(cháng)引起膈肌升高，使運動(dòng)受限。肝包蟲(chóng)囊向下生長(cháng)，位于肝門(mén)附近偶可壓迫膽總管引起黃疸，或壓迫門(mén)靜脈引起門(mén)脈高壓癥：脾腫大，食管下段靜脈曲張或腹水，但較少見(jiàn)。肝包蟲(chóng)病主要并發(fā)癥有感染(16.2%～26.9%)和破裂(4.3%～11.5%)，兩者常互為因果：
(1)細菌感染大多來(lái)自膽管，也可因外傷或穿刺引起。臨床上有發(fā)熱，肝區疼痛，白細胞與中性粒細胞增多、酷似肝膿腫。但由于外囊囊壁較厚、細菌與毒素不易吸收入血，故毒血癥癥狀較輕。肝右葉頂部包蟲(chóng)囊感染，除膈肌抬高，運動(dòng)受阻外，也可引起反應性胸膜炎與積液。
(2)肝包蟲(chóng)囊穿破是常見(jiàn)而嚴重的并發(fā)癥。包蟲(chóng)囊內張力甚高，診斷性穿刺無(wú)不引起囊液外溢。包蟲(chóng)囊破裂也可因外傷引起。大量囊液破入腹腔或胸腔可引起過(guò)敏性休克，并使囊液中頭節播散移植至腹腔或胸腔內產(chǎn)生多發(fā)性繼發(fā)包蟲(chóng)囊腫。
2.肺囊型包蟲(chóng)病 以右肺(2/3)較左肺多，下中葉較上葉多。早期肺包蟲(chóng)囊較小，患者無(wú)自覺(jué)癥狀，常在胸部X線(xiàn)透視時(shí)發(fā)現。肺包蟲(chóng)囊逐漸長(cháng)大則可引起胸痛、咳嗽、痰血等癥狀，胸痛為持續性隱痛。痰中帶血亦較常見(jiàn)(約1/3)，偶爾包蟲(chóng)囊腫破裂時(shí)可發(fā)生大咯血。約1/3患者包蟲(chóng)囊穿破至支氣管。穿破時(shí)患者突然發(fā)生陣發(fā)性嗆咳，呼吸困難，咯出大量水樣囊液與粉皮狀角皮膜以及咯血，偶爾因大量囊液溢出與堵塞引起窒息。并發(fā)感染時(shí)，患者有發(fā)熱、咳膿痰等癥狀。
3.腦囊型包蟲(chóng)病 發(fā)病率在1%左右，多見(jiàn)于兒童，以頂葉為常見(jiàn)，大多伴有肝與肺包蟲(chóng)病。臨床癥狀為頭痛、視神經(jīng)盤(pán)水腫等顱內高壓癥，常有癲癇發(fā)作。腦電圖可見(jiàn)局限性慢波。顱腦CT掃描及磁共振影像可見(jiàn)大的囊腫陰影，有定位與定性診斷價(jià)值。
其他器官的細粒棘球蚴病如脾、腎、骨等主要表現為占位性囊腫引起的壓迫癥狀，幾乎都伴有肝或肺包蟲(chóng)病的癥狀。
凡在流行區有與狗密切接觸史，包蟲(chóng)皮內試驗與血清免疫學(xué)試驗陽(yáng)性者提示有包蟲(chóng)感染。肝臟B超與CT掃描發(fā)現有囊腫有助于診斷，但需與非寄生蟲(chóng)性囊腫如先天性肝囊腫、肝血管瘤等相鑒別。肺包蟲(chóng)囊破入支氣管，患者咳出粉皮樣物質(zhì)，顯微鏡下查到粉皮樣膜狀物、頭節或小鉤可確定診斷。

需與非寄生蟲(chóng)性囊腫如先天性肝囊腫、肝血管瘤等相鑒別。