作病原治療。
以前常用戊烷脒（pentamidine isothionate）100～150mg/（m2·d）或4～5mg/（kg·d），肌注10～14天。亦可氣霧吸入，早期應用此藥，至少60%患兒可以治愈，但約半數患兒可出現較重的不良副作用如局部發(fā)生無(wú)菌性膿腫、皮疹、低血壓、惡心、嘔吐、眩暈、低血糖、低血鈣、巨幼紅細胞性貧血、血小板減少、中性粒細胞減少及肝腎功能損害等。
目前，首選藥物為甲氧芐胺嘧啶（TMP）20mg/（kg·d）加磺胺甲基異噁唑（SMZ）100mg/（kg·d），分2次服，連服2周，其療效與戊烷脒相仿，但不良副作用遠較少見(jiàn)，表現為皮膚過(guò)敏與胃腸道反應。亦有主張SMZCo100mg/（kg·d）2周，后減為半量再用二周，后再減為1/4量連用2月，有效率達75%，此藥可作為化學(xué)預防劑，在應用免疫抑制劑的高危患兒中預防此病，其劑量為T(mén)MP5mg/（kg·d）和SMZ25mg/（kg·d），皆分2次口服或每周連服3天，停4天，連用6個(gè)月。　
支持療法包括肌注丙種球蛋白或胎盤(pán)球蛋白，可以增強免疫力。必要時(shí)吸氧。如在應用腎上腺皮質(zhì)激素的過(guò)程中發(fā)生此病，則需減量或停藥。為預防此病在高危患兒中交叉感染，最近主張執行呼吸道隔離，直至治療結束。