有臨床表現的感染，大致分兩型。
1.流行型 又稱(chēng)嬰幼兒型。多見(jiàn)于低體重兒、營(yíng)養不良或先天性免疫缺陷的嬰幼兒。隱匿起病，呼吸增快是最早出現的呼吸道癥狀，稍后有干咳、呼吸困難、鼻翼扇動(dòng)、發(fā)紺等征。未及時(shí)救治者病死率達50%。
2.散發(fā)型 又稱(chēng)兒童-成人型。多見(jiàn)于免疫功能低下或缺陷者。起病急驟，發(fā)熱、咳嗽、呼吸困難、發(fā)紺等迅速出現，但少有啰音。病程短者可在4～8天內死亡。X線(xiàn)胸部變化常遲于臨床表現。如無(wú)特效治療，無(wú)論成人或兒童，病死率高達90%～100%。兩種類(lèi)型肺部的X線(xiàn)表現均呈彌漫性、雙側條索或斑點(diǎn)狀陰影。肺炎和肺底較少受累。可迅速發(fā)展致肺實(shí)變，實(shí)變病灶中常有廣泛或局限的肺氣腫后小段肺不張。某些病例可見(jiàn)氣胸、胸水、肺部結節陰影等。動(dòng)脈血氧分壓常低于10.7kPa(80mmHg)，C02分壓正常或低下，動(dòng)脈血pH常增高。
除上述臨床表現外，還需進(jìn)行下列檢查：
1.血象 白細胞計數正常或升高，多為(15～20)×109/L，分類(lèi)正常或核左移，嗜酸性粒細胞可輕度增加。
2.病原檢查 痰液檢查最方便、安全，可經(jīng)離心沉淀、涂片后染色鏡檢。支氣管肺泡灌洗液或肺活檢標本，查見(jiàn)卡氏肺囊蟲(chóng)滋養體和包囊可以確診。近年各種染色法(如甲苯胺藍染色法)及PCR技術(shù)等的應用，大大提高了檢出率。

本病須與病毒性肺炎、衣原體肺炎、肺結核等鑒別。