本病臨床表現非常復雜，因而早期診斷較困難，容易漏診、誤診。臨床確診需要有陽(yáng)性的病原學(xué)或血清學(xué)檢查結果，而這些特異性檢查往往又需時(shí)日。所以為了作好診斷，必須結合流行病學(xué)特點(diǎn)、早期的臨床特點(diǎn)及化驗等三方面進(jìn)行綜合分析，并與其他疾病鑒別。

　　(一)發(fā)熱　應與其他急性發(fā)熱性疾病鑒別的有：傷寒、流感、上感、瘧疾、急性血吸蟲(chóng)病、恙蟲(chóng)病、肺炎、流行性出血熱、敗血癥等。除依靠臨床特點(diǎn)外、流行病學(xué)病史、蛋白尿以及氮質(zhì)血癥的出現，往往對鑒別診斷提供重要的線(xiàn)索。

　　(二)黃疸　應與黃疸型肝炎鑒別。肝炎是以食欲不振等消化道癥狀為顯著(zhù)，無(wú)眼結合膜充血和腓腸肌壓痛、白細胞計數正常或減低、肝功能ALT、AST明顯異常、CPK不增高。流行病學(xué)史和血清學(xué)試驗可資鑒別。

　　(三)腎炎　有腎臟損害而無(wú)黃疸的鉤體病患者需與腎炎相鑒別。鉤體病具有急性傳染性熱性發(fā)病過(guò)程，有結合膜充血、肌痛明顯，血壓多正常，無(wú)浮腫。

　　(四)肌痛　應與急性風(fēng)濕熱相鑒別。急性風(fēng)濕熱的疼痛多分游走性的關(guān)節疼痛，而鉤體病的肌痛以腓腸肌為基。

　　(五)出血或咯血　出血可與上消化道出血、血尿、白血病、血小板減少及再生不良性貧血等疾病鑒別，可通過(guò)周?chē)蠹肮撬铏z查、GI檢查等手段與出血性疾病相鑒別。咯血應與肺結核、支氣管擴張、腫瘤等疾病鑒別，通過(guò)肺部X線(xiàn)攝片或CT等檢查加以區分。

　　(六)腦膜腦炎　腦膜腦炎型鉤體病與流行性乙型腦炎都在夏秋季流行，都無(wú)疫水接觸史，亦無(wú)全身酸痛、腓腸肌壓痛、結膜充血及淋巴結腫大等。乙型腦炎病情兇險、抽搐、昏迷等腦部癥狀比鉤體病明顯，尿常規、肝功能多正常。