本病診斷的主要依據是病理檢查結果，電鏡和免疫熒光檢查可以區分Ⅰ型和Ⅱ型。持續性的低補體血癥，持續無(wú)選擇性的蛋白尿(或腎病綜合征)伴有嚴重的多樣畸形的紅細胞尿，與腎功能下降不成比例的貧血，常提示該病發(fā)生。C3腎炎因子和血補體C3同時(shí)降低常提示病情活動(dòng)。低C3血癥還見(jiàn)于其他繼發(fā)性腎小球病如：活動(dòng)性肝病、白血病、轉移性腫瘤、和免疫球蛋白血癥，因其有原發(fā)病的特征不難鑒別。

　　由于MPGN常在上呼吸道感染之后急性起病，表現為急性腎炎綜合征，甚至半數左右患者抗“O”鏈球菌感染的證據呈陽(yáng)性，故應與鏈球菌感染后腎小球腎炎相鑒別。后者常有肉眼血尿，而血補體水平在2個(gè)月內常恢復正常。本病肉眼血尿在發(fā)病后第1年內較為少見(jiàn)，而持續的低補體血癥則應懷疑本病。另外鏈球菌感染后腎炎的病理常表現為毛細血管內增生性腎小球腎炎，結合病理檢查不難區分。

　　Ⅳ型系統性紅斑狼瘡活動(dòng)期，補體，尤其C3常降低，病理檢查有時(shí)也有系膜結構向基底膜和內皮間長(cháng)入形成間位，病變累及廣泛，免疫復合物可以沉積于腎小球的各個(gè)部位，與本病Ⅰ型有些混淆，但是注意結合臨床其他表現和免疫熒光檢查的C1q的陽(yáng)性程度以及血清免疫學(xué)檢查可加以鑒別。

　　Ⅰ型的病理檢查系膜區明顯擴張，可表現為結節性硬化灶，與糖尿病腎小球硬化或者輕鏈沉積病的光鏡改變相似，但是免疫熒光和電鏡的結果可以容易地將本病和其他疾病區分開(kāi)，當然結合臨床表現，血生化和血清免疫學(xué)檢查就更容易鑒別。

　　應與其他的繼發(fā)性系膜毛細血管性腎炎相鑒別。如乙肝相關(guān)性腎炎，根據病毒血清學(xué)及腎臟組織乙肝病毒抗原標志物可以鑒別。冷球蛋白血癥臨床與病理均與該病相似，但很少見(jiàn)，并且前者有相應的全身表現，病理有腎臟小血管炎和透明血栓形成提示為繼發(fā)性的病變。