曲菌球一般對抗真菌藥物治療無效，應爭取手術治療。 　
變態(tài)反應性支氣管肺曲菌病患者，經氣管滴入或霧化吸入二性霉素Ｂ等抗真菌藥，雖對消滅支氣管內曲菌有一定療效，但易復發(fā)。目前認為皮質類固醇是治療本病最有效的藥物，可抑制變態(tài)反應、減少痰液，使支氣管管腔不利于曲菌種植。一般口服強的松0.5mg/kg/d，有助于肺浸潤吸收。2周后改為隔日一次，至少維持3個月。亦可聯合應用二性霉素B，霧化吸入療效較滿意。通常用氟美松2.5mg和二性霉素B 5mg加入生理鹽水10ml中霧化吸入，每日2次，共1個月。對頑固性病者應作支氣管鏡沖洗，吸出粘稠的分泌物，保持氣道通暢，以提高藥物的療效。　
IPA者主要采用抗真菌藥物治療。兩性霉素B為首選藥物，用法和劑量參閱“隱球菌病”。亦可合并應用利福平，450mg/d，空腹一次口服。因兩者聯合應用有協(xié)同作用。也可應用氟胞嘧啶。伊曲康唑（ifraconazole）抗真菌活性強，對曲菌感染具良好療效，用量200mg/d逐增至400mg/日，分1～2次服用。對于頑固性或復發(fā)性、侵入性肺曲菌病患者，若病灶局限，可作部分肺切除。