治療前盡可能明確診斷，并考慮患者年齡，對生育要求、病情嚴重程度、癥狀及病灶范圍，加以全面考慮。
一、激素治療
（一）丹那唑：是一種合成甾體17α-乙炔睪丸酮的衍生物。其主要作用是抑制下丘腦GnRH產(chǎn)生，從而使FSH、LH合成及釋放減少，導致卵巢功能受抑制。亦可直接抑制卵巢甾體激素的合成或競爭性與雌孕激素受體結合，從而導致異位內膜萎縮，不排卵及閉經(jīng)。丹那唑還有輕度雄激素作用，產(chǎn)生毛發(fā)增多，聲音變低沉，乳房變小及痤瘡出現等男性化表現。丹那唑 另一常見(jiàn)副作用是水分潴留及體重增加。患有高血壓、心臟病或腎功能不全者不宜應用。丹那唑主要通過(guò)肝臟代謝，并可能對肝細胞產(chǎn)生一定損害，故患有肝疾患的婦女禁用。
常用劑量為400mg/d，為2～4次口服，從月經(jīng)開(kāi)始服用，一般在1個(gè)月左右癥狀即有所減輕。如無(wú)效，可加至600～800mg/d，取得效果后再逐漸減至400mg/d。療程一般為6個(gè)月，90～100%均取得閉經(jīng)的效果。
丹那唑對盆腔腹膜的內異癥療效較好，對大于1cm直徑卵巢異位腫塊療效較差。
（二）內美通（Nemestran）：即3烯高諾酮（R2323），為19去甲睪丸酮衍生物，具有較高抗孕激素活性及中度抗雌激素作用，抑制FSH及LH分泌、使體內雌激素水平下降，異位內膜萎縮、吸收。
（三）促性腺激素釋放激素激動(dòng)劑（GnRHa）：1982年Meldtum及Lemay報道，應用LHRHa治療內異癥獲得良好效果。LHRH對垂體有雙相作用。LHRH大量持續應用，使垂體細胞呈降調反應，即垂體細胞受體被激素占滿(mǎn)無(wú)法合成釋放FSH、LH、而起反調節作用。副反應為潮熱、陰道干燥、頭痛、陰道少量流血等。
（四）三苯氧胺（Tamoxifen，TMX）：為雙苯乙烯衍生物。劑量為10mg×2/d，月經(jīng)第五天開(kāi)始，20天為1療程。
（五）合成孕激素：可用炔異諾酮、炔諾酮或甲孕酮（安宮黃體酮）等作周期性治療，使異位內膜退化。從月經(jīng)周期第六天開(kāi)始至第二十五天，每日口服上述一種藥物5～10mg。療程視治療效果而定，此法可抑制排卵。因此，對希望生育者，可從月經(jīng)周期第十六天開(kāi)始到第二十五天，每日應用炔異諾酮或炔諾酮10mg。這樣既可控制子宮內膜異位癥，又不致于影響排卵。部分病例在治療期有較重的副作用，如惡心、嘔吐、頭痛發(fā)脹、子宮絞痛、乳房疼痛以及由于水分潴留及食欲改善而體重過(guò)度增加等，給予鎮靜劑、止吐劑、利尿藥及低鹽飲食可以減輕。
睪丸素：對本癥也有一定療效。應用劑量應隨病人之耐受量而定。最好開(kāi)始劑量為10mg，每日2次，于月經(jīng)周期后2周開(kāi)始口服。這種劑量很少影響月經(jīng)周期及發(fā)生男性化副作用。但要達到止痛目的常需持續服用幾個(gè)周期。此后可減低劑量再維持治療一個(gè)時(shí)期后，停藥觀(guān)察。如能妊娠，則本病即能治愈。
二、手術(shù)治療
手術(shù)治療為子宮內膜異位癥的主要方法，因為在直視下可以基本上明確病灶范圍和性質(zhì)，對解除疼痛，促進(jìn)生育功能效果較好，療程短尤其對重癥者，纖維化多，粘連緊密，藥物不易奏效。較大卵巢內膜樣囊腫，藥物治療無(wú)效，手術(shù)尚有可能保留有效卵巢組織。手術(shù)可分為保守性手術(shù)，半根治性手術(shù)和根治性手術(shù)3種。
（一）保守性手術(shù)：主要用于年輕、有生育要求者。保留子宮及附件（盡量保留雙側），只是切除病灶，分離粘連，重建卵巢，修復組織。近年來(lái)應用顯微外科手術(shù)，切除異位病灶，仔細縫合創(chuàng )面，重建盆腔腹膜，仔細止血，徹底沖洗，使手術(shù)效果臻于完善，提高手術(shù)后妊娠成功率，降低復發(fā)率。
1、腹腔鏡手術(shù)：通過(guò)腹腔鏡檢查，可明確診斷，可用特種設計的刀、剪、鉗等進(jìn)行病灶切除，分離粘連。在腹腔鏡下可用CO2激光器或氦-氖激光器燒灼病灶，即在恥骨聯(lián)合上2cm處做第二切口，激光刀通過(guò)這切口的套管進(jìn)入盆腔，在腹腔鏡直視下燒灼病灶。也可經(jīng)腹腔鏡穿刺吸出囊液，再用生理鹽水沖洗，然后注入無(wú)水乙醇5～10ml，固定5～10分鐘后吸出，最后用生理鹽水沖洗后吸出。
在腹腔鏡下還可行輸卵管通液檢查。
2、B超下行卵巢內膜樣囊腫穿刺術(shù)：對手術(shù)剝離術(shù)后或腹腔鏡下穿刺后復發(fā)病例，可考慮超聲下穿刺術(shù)及藥物治療。
3、剖腹保守性手術(shù)：用于較嚴重病灶粘連患者，尤其是無(wú)腹腔鏡設備醫療機構或腹腔鏡掌握不熟練者，皆可實(shí)行剖腹手術(shù)分離粘連，挖除卵巢子宮內膜樣囊腫，盡可能保留正常的卵巢組織，如病灶僅限于一側且較重，另一側正常，有人主張將病側附件切除。這樣做妊娠率較保留病側卵巢后的妊娠率高。還可做簡(jiǎn)單子宮懸吊術(shù)。是否做骶前神經(jīng)切除值得商榷。
保守手術(shù)的重要目的之一，為希望妊娠足月分娩，故術(shù)前應對夫婦雙方進(jìn)行徹底的不孕檢查。術(shù)后復發(fā)者仍可再次采用保守手術(shù)，仍可獲得療效。
（二）半根治手術(shù)：無(wú)生育要求，病灶嚴重，而年齡較輕者（＜45歲），可行子宮和病灶全切，但盡可能保留一側正常的卵巢組織，以避免絕經(jīng)期癥狀過(guò)早出現。一般認為半根治術(shù)后復發(fā)率低，后遺癥少。切除子宮可去除具有活力的子宮內膜細胞種植的來(lái)源，從而可減少復發(fā)機會(huì )。但因保留了卵巢仍有可能復發(fā)。
（三）根治性手術(shù)：年齡接近絕經(jīng)期，尤其病情重，有過(guò)復發(fā)者，應實(shí)行全子宮及雙側附件切除。手術(shù)時(shí)盡可能避免卵巢內膜囊腫破裂。囊液流出時(shí)應盡快吸盡，沖洗。術(shù)后出現更年期綜合癥者，可用鎮靜劑及尼爾雌醇。
腹壁、會(huì )陰切口處發(fā)生子宮內膜異位癥者，應徹底切除，否則會(huì )復發(fā)。
子宮內膜異位癥患者常合并排卵功能障礙，故不論采用激素治療或保守性手術(shù)治療，皆可用HMG或/及克羅米芬促卵泡成熟排卵。
如為不育而實(shí)行保守手術(shù)治療者，可應用激素治療3～6個(gè)月以鞏固療效。但有人認為，術(shù)后1年是妊娠最易發(fā)生的時(shí)間，用丹那唑或假孕治療，反而減少受孕機會(huì )而不主張用。
三、放射治療
雖然放療用于子宮內膜異位癥已有多年歷史，但應用多種藥物及手術(shù)達到很高療效，一般不破壞卵巢功能，而放射治療子宮內膜異位癥的作用，在于破壞卵巢組織，從而消除卵巢激素的影響，使異位的內膜萎縮，達到治療的目的。放射線(xiàn)對異位的內膜破壞作用并不明顯，但對既不能耐受激素治療又因病灶位于腸道、泌尿道及廣泛盆腔粘連，尤其是合并心、肺或腎等嚴重疾病，本人又十分懼怕手術(shù)的個(gè)別患者，也可采用體外放療，破壞卵巢功能，達到治療目的。即便個(gè)別接受放療者，必須先明確診斷，特別是不能將惡性卵巢腫瘤誤診為子宮內膜囊腫，以至錯治而延誤正確治療。