(一)治療
棘阿米巴性角鞏膜炎的治療尚有爭(zhēng)議。棘阿米巴以包囊和滋養(yǎng)體2種狀態(tài)存在，需長(zhǎng)期治療。治療包括0.1%依西雙溴丙脒、新霉素-多黏菌素(neomycin-polymyxin)和局部1%咪康唑滴眼液或眼膏，次數(shù)先頻后減，療程4周以上。并加口服酮康唑和伊曲康唑。
若懷疑存在繼發(fā)性細(xì)菌感染或細(xì)菌培養(yǎng)呈陽性，應(yīng)當(dāng)考慮適當(dāng)使用抗生素，以局部應(yīng)用為主，全身應(yīng)用抗生素要少。主要目的是解除疼痛和消除炎癥。
在某些情況下，局部使用糖皮質(zhì)激素，有助于炎癥的消退。但對(duì)棘阿米巴性鞏膜炎是否是絕對(duì)適應(yīng)癥，目前尚有爭(zhēng)議。糖皮質(zhì)激素治療可能具有雙重作用，一是能抑制棘阿米巴的包囊形成和脫包囊過程;二是能使包囊對(duì)抗阿米巴藥產(chǎn)生耐藥性。使用宜慎重。
若病灶局限，藥物治療失敗或藥物治療后殘留嚴(yán)重的影響視力的角膜基質(zhì)混濁，可行穿透性角膜移植。為防止術(shù)后復(fù)發(fā)，術(shù)后需要繼續(xù)藥物治療。
(二)預(yù)后
早期治療預(yù)后良好。