結腸癌的鑒別診斷主要是結腸炎性疾病，如腸結核、血吸蟲(chóng)病、肉芽腫、阿米巴肉芽腫、潰瘍性結腸炎以及結腸息肉病等。臨床上鑒別要點(diǎn)是病期的長(cháng)短，糞便檢查寄生蟲(chóng)，鋇灌腸檢查所見(jiàn)病變形態(tài)和范圍等，闌尾周?chē)撃[可被誤診為盲腸癌(結腸癌)，但本病血象中白細腸及中性粒細胞增高，無(wú)貧血、消瘦等惡病質(zhì)，作鋇灌腸檢查可明確診斷。 

1、直腸癌往往被誤診為痔、細菌性痢疾、慢性結腸炎等。誤診率高達60%～80%，其主要原因是沒(méi)有進(jìn)行必要的檢查，特別是肛門(mén)指診和直腸鏡檢查。
2、結腸其他腫瘤如結腸直腸類(lèi)癌，瘤體小時(shí)無(wú)癥狀，瘤體長(cháng)大時(shí)可破潰，出現極似結腸腺癌的癥狀;原發(fā)于結腸的惡性淋巴瘤，病變形態(tài)呈多樣性，與結腸癌常不易區別。均應作組織涂片活檢來(lái)鑒別之。
在肛腸科診療過(guò)程中，通過(guò)指診發(fā)現直腸黏膜外腫塊是比較常見(jiàn)的事。由于黏膜外腫塊不像直腸癌那樣直觀(guān)，良惡性一時(shí)也難于鑒別，因此常易誤診。直腸黏膜外腫塊其起源復雜，可來(lái)自于黏膜外腸壁組織或腸外組織。根據病變性質(zhì)這些腫塊可分為3類(lèi)：①良性腫瘤，如平滑肌瘤、纖維瘤等;②惡性腫瘤(包括原發(fā)和轉移)，如平滑肌肉瘤、惡性淋巴瘤、畸胎瘤、胃癌種植轉移等;③炎性腫塊或其他良性增生，如痔瘡注射治療后組織反應性增生或機化，結核性病性肉芽腫等。
以直腸黏膜外腫塊為首發(fā)癥狀者較少，多數是以直腸會(huì )陰部癥狀而發(fā)現的，這些癥狀與直腸癌癥狀又極為相似，所以如果是單純憑指診結果往往與直腸癌相混淆，尤其是腫瘤突破直腸黏膜者。全面地詢(xún)問(wèn)病史，對診斷有一定幫助，腔內B超可確定腫塊大小及范圍，對判別腫塊來(lái)源也有幫助。對于較大的腫塊或來(lái)自骶骨的腫瘤，CT或MRI可了解腫瘤的占位情況及破壞情況。有一部分腫瘤來(lái)自于胃腸腫瘤的轉移，應注意尋找原發(fā)病灶，如胃鏡、鋇餐等。腫塊活檢是惟一的確診手段，活檢應在良好的麻醉下進(jìn)行，松弛肛門(mén)括約肌，切開(kāi)黏膜層，在明視下切取腫塊組織。一次活檢失敗后可多次重復，多數病例可獲得確診。