潛伏期長(cháng)短不一，數日至數周，大多3周以上。
1、無(wú)癥狀型：患者感染阿米巴后，糞便中有包囊排出，但無(wú)臨床癥狀。其中80%感染的是非致病株，原蟲(chóng)在腸腔中生長(cháng)，無(wú)抗體形成，呈攜帶狀態(tài)；少數患者感染致病性蟲(chóng)株，但腸道病變局限、表淺，有抗體形成，呈隱匿型感染，可在某些因素影響下轉變成阿米巴痢疾或肝膿腫。
2、普通型：癥狀無(wú)特異性。典型表現為阿米巴痢疾，起病緩慢，一般無(wú)發(fā)熱，呈間歇性腹瀉，發(fā)作時(shí)有腹脹、輕中度腹絞痛，大便每日數次至10余次。典型的阿米巴痢疾大便量中等，糞質(zhì)較多，腥臭，血性黏液樣便呈果醬樣。間歇期大便基本正常。體征僅有盲腸、升結腸部位輕度壓痛，偶有肝腫大伴壓痛。癥狀可持續數月至數年。
3、暴發(fā)型：病情較重。常因感染嚴重、機體抵抗力差或合并細菌感染所致。半數以上起病突然，高熱，大便每日十幾次以上，排便前有較長(cháng)時(shí)間劇烈的腸絞痛，伴里急后重，糞便量多，呈黏液血性或血水樣，并有嘔吐、失水，迅速發(fā)生虛脫，后期可有腸出血、腸穿孔。體檢見(jiàn)腹脹明顯，有彌漫性腹部壓痛，有時(shí)相當顯著(zhù)，甚而疑為腹膜炎，肝腫大常見(jiàn)。如不及時(shí)搶救，可于1～2周內死亡。

 本病以慢性腹瀉為主要癥狀時(shí)應與細菌性痢疾等侵襲性腸道細菌感染、血吸蟲(chóng)病、小袋蟲(chóng)病、旋毛蟲(chóng)病、慢性非特異性潰瘍性結腸炎等鑒別；以非痢疾癥狀為主要表現時(shí)需注意與腸結核、結腸癌、克隆病等鑒別。
1、血吸蟲(chóng)病：有疫水接觸史，起病較緩，間歇性腹瀉，肝脾腫大，血嗜酸粒細胞增高，糞便或腸黏膜活檢找到蟲(chóng)卵、大便孵化陽(yáng)性、血中查獲蟲(chóng)卵可溶性抗原可確診。
2、腸結核：大多有原發(fā)結核病灶存在，患者有消耗性發(fā)熱、盜汗、營(yíng)養障礙，糞便多呈黃色稀粥狀，帶黏液而少膿血，腹瀉與便秘交替出現。胃腸道X線(xiàn)檢查有助于診斷。
3、結腸癌：患者常年齡較大。左側結腸癌者每有排便習慣改變，糞便變細含血液，有漸進(jìn)性腹脹。右側結腸癌常表現為進(jìn)行性貧血、消瘦、不規則發(fā)熱等，有排便不暢感，糞便多呈糊狀，除隱血試驗陽(yáng)性，間或含有少量黏液外，絕少有鮮血。晚期大多可觸及腹塊。鋇劑灌腸和纖維腸鏡檢查有助于鑒別。
4、慢性非特異性潰瘍性結腸炎：臨床上與慢性阿米巴腸病難以區別，多次病原體檢查陰性，血清阿米巴抗體陰性，特效治療無(wú)效時(shí)支持本病診斷。
5、起病急，有畏寒高熱、精神萎靡等全身中毒癥狀，膿血樣大便次數多而量少，無(wú)腥臭，里急后重明顯。糞便檢查見(jiàn)大量膿細胞和少量巨噬細胞，培養有痢病桿菌生長(cháng)。