等孢球蟲感染可持續(xù)數(shù)周乃至數(shù)年，大多癥狀輕微。腹瀉為其主要癥狀，大便以黏液便多見，嗜酸性粒細胞常大量存在，但中性粒細胞則罕見。腹瀉一天數(shù)次，但也有報告每天達二十余次持續(xù)3～4天，周期性發(fā)作達數(shù)月之久。此外，患者常有腹部絞痛、發(fā)熱、惡心、嘔吐、食欲減退、體重下降等。少數(shù)患者有小腸吸收不良，特別是脂肪吸收不良，大便中含有粗大的脂肪顆粒。國外“志愿者”實驗感染或實驗室工作人員意外感染者中，癥狀以腹部不適、低熱、腹瀉多見。腹瀉始于感染后1周，持續(xù)5～10天即可自愈，但大便中卵囊排出可繼續(xù)10～20天。本病存在無癥狀帶蟲者，但由于大便中卵囊常被遺漏，準確的無癥狀帶蟲者數(shù)量無法確定。
本病確診有賴于大便中發(fā)現(xiàn)等孢球蟲卵囊。取新鮮大便并經(jīng)硫酸鋅漂浮濃集后鏡檢可以提高卵囊檢出率。等孢子球蟲卵囊透明度較高，在直接涂片中很容易遺漏，此時可將顯微鏡光圈縮小直至涂片中其他原蟲或細菌輪廓清晰，有助鑒別。鑒別時主要依據(jù)為卵囊大小，子孢子數(shù)目，子孢子周圍是否存在孢子囊等。除大便檢查以外，小腸黏膜活檢和腸內容物檢查，也可能發(fā)現(xiàn)等孢子球蟲發(fā)育的各期形態(tài)。十二指腸引流液檢查，部分患者亦可獲陽性結果。

本病應注意與其他腹瀉相鑒別。等孢子球蟲病廣泛分布于熱帶和亞熱帶，尤應與阿米巴痢疾、腸滴蟲病、藍氏賈第鞭毛蟲病、隱孢子蟲病等區(qū)別，惟本病人體感染相當少見。