本病潛伏期10～65天。缺乏特異性臨床表現，無(wú)癥狀感染和輕癥患者常見(jiàn)。
1.急性呼吸系感染 是其主要表現，如咽炎、喉炎、鼻竇炎、中耳炎、支氣管炎及肺炎，以肺炎最常見(jiàn)占50%以上，支氣管炎次之。老年人以肺炎多見(jiàn)，20歲以下的青少年，則多為支氣管炎及上呼吸道感染。常以發(fā)熱、全身不適、咽痛及聲音嘶啞起病，數日后出現咳嗽，此時(shí)體溫多已正常。亦可引起支氣管炎、支氣管哮喘，原有支氣管哮喘的患者感染肺炎衣原體后，可加重病情。還可引起咽炎、鼻竇炎及中耳炎，此多與肺炎及支氣管炎同時(shí)存在。病變一般均較輕，但即使應用抗生素治療，病情恢復較慢，咳嗽及全身不適等癥狀可持續數星期至數月。病情嚴重者可因原基礎疾病加重或因發(fā)生并發(fā)癥如細菌感染而死亡。
2.傷寒型 少數患者表現為高熱、頭痛、相對緩脈及肝脾大，易并發(fā)心肌炎、心內膜炎和腦膜炎，重癥患者出現昏迷及急性腎衰竭，表現類(lèi)似重型傷寒。
3.肺炎衣原體感染與動(dòng)脈硬化、冠心病及急性心肌梗死之發(fā)病的相關(guān)性 據統計50%的慢性冠心病及68%急性心肌梗死患者血清中，可檢出抗肺炎衣原體抗體(IgG和IgA)，對照組僅17%。用肺炎衣原體單克隆抗體免疫組化染色或用PCR法，在冠狀動(dòng)脈或主動(dòng)脈的硬化斑中，可檢出肺炎衣原體抗原或其DNA，證實(shí)在病灶內存在病原體，而在正常動(dòng)脈組織中未檢出。在電鏡下觀(guān)察亦發(fā)現在硬化的冠狀動(dòng)脈壁上，可見(jiàn)大小和形態(tài)與肺炎衣原體相似的梨狀物。Gloria等報告用單克隆抗體免疫熒光法，分別在主動(dòng)脈和冠狀動(dòng)脈硬化的標本中檢出肺炎衣原體抗原，陽(yáng)性率分別為13%和79%，正常主動(dòng)脈為4%。故認為肺炎衣原體感染與動(dòng)脈硬化的發(fā)生相關(guān)，是發(fā)生冠心病的危險因素，對冠心病患者應注意除外肺炎衣原體感染，并認為防治肺炎衣原體感染有可能減少冠心病的發(fā)生。據報告，動(dòng)脈粥樣硬化、冠心病及外周動(dòng)脈栓塞等心血管病患者，常合并肺炎衣原體感染，用羅紅霉素等大環(huán)內酯類(lèi)抗生素治療，并經(jīng)過(guò)2～7年的隨訪(fǎng)，可明顯降低心血管病的進(jìn)展。同時(shí)發(fā)現有腎衰竭的冠心病患者，其肺炎衣原體的感染率更高，且更易促進(jìn)心血管病的進(jìn)展。
4.其他 可引起虹膜炎、肝炎、心內膜炎、腦膜炎及結節性紅斑等。是艾滋病、惡性腫瘤或白血病等疾病發(fā)生繼發(fā)感染的重要病原體之一。另發(fā)現在一些疾病如惡性腫瘤、腦血管病、腎功能不全、帕金森綜合征、肝硬化及糖尿病患者，均可檢出較高陽(yáng)性率的肺炎衣原體抗體，兩者間的確切關(guān)系尚不明確。近年來(lái)發(fā)現，肺炎衣原體感染在COPD中常見(jiàn)(65%)，重癥患者更高。且發(fā)現COPD患者肺炎衣原體特異性抗體陽(yáng)性率明顯高于健康人群。尤其是>50歲的COPD患者，4%以上的急性發(fā)作與肺炎衣原體感染有關(guān)。
由于本病缺乏特異性臨床表現，故對有肺炎或上述臨床表現的患者，如疑及本病，可做病原學(xué)或免疫學(xué)檢測確診。

本病須與其他病原引起的肺炎如支原體肺炎、病毒性肺炎、嚴重急性呼吸綜合征(SARS)、軍團病及其他細菌性肺炎鑒別。其中SARS的特點(diǎn)是：
①流行病學(xué)特點(diǎn)是與發(fā)病者有密切接觸史，或屬受傳染的群體發(fā)病者之一，或有明確傳染他人的證據。或發(fā)病前2周內曾到過(guò)或居住于報告有此病患者并出現繼發(fā)感染疫情的區域。②臨床表現是發(fā)病急，以發(fā)熱為首發(fā)癥狀，體溫多>38℃，可伴有頭痛、關(guān)節、肌肉酸痛、咳嗽少痰、胸悶，嚴重者出現呼吸困難或呼吸窘迫，肺部體征不明顯，可有少許濕啰音或肺實(shí)變。
③外周血白細胞及淋巴細胞可降低。
④肺部有片狀、斑片狀或呈網(wǎng)狀改變。其他則主要是通過(guò)各自的病原學(xué)和(或)血清免疫學(xué)檢查確定。