潛伏期短，一般3～5天。原發(fā)性肺鼠疫為數小時(shí)到3天，起病急，高熱伴畏寒、寒戰，全身毒素癥狀，淋巴結腫大，可有嘔吐、腹瀉、肝脾腫大及出血表現。肺鼠疫多由腺鼠疫血行播散引起，少數為原發(fā)性吸入性肺鼠疫。咳痰為膿血痰、胸痛、咯血，呼吸困難、發(fā)紺。肺部體征少，可有少量濕啰音及胸膜摩擦音。體征與病情嚴重程度不一致為本病之特征，如搶救不及時(shí)，可出現意識障礙，多死于休克及呼吸衰竭。因病死后全身皮膚呈黑紫色，故有“黑色病”之稱(chēng)。
根據流行病學(xué)資料，臨床上有發(fā)熱、全身毒血癥狀，急性淋巴結炎或咳嗽，胸痛，咳血痰，呼吸困難等表現應懷疑為鼠疫，確定有賴(lài)于病原學(xué)檢查出鼠疫桿菌和(或)檢測血清特異性F1抗體，效價(jià)≥1∶100或雙份血清抗體效價(jià)增高4倍以上。

肺鼠疫須與其他肺部炎癥鑒別，如大葉性肺炎，肺炭疽，鉤端螺旋體病肺出血型及支原體肺炎。