潛伏期4～8周。AIDS患者較長，平均6周，甚至可達(dá)1年。
1.流行性嬰兒型(經(jīng)典型) 流行于育嬰機(jī)構(gòu)。起病緩慢，先有畏食、腹瀉、低熱，以后逐漸出現(xiàn)咳嗽，呼吸困難，癥狀呈進(jìn)行性加重，未經(jīng)治療病死率為20%～50%。
2.兒童-成人型(現(xiàn)代型) 起病較急，開始時干咳，迅速出現(xiàn)高熱、氣促、發(fā)紺，肺部體征甚少，可有肝脾腫大。從起病到診斷，典型的為1～2周，接受大劑量激素治療者，病程短促，可于4～8天死亡。AIDS患者病程較為緩慢，漸進(jìn)，先有體重下降、盜汗，淋巴結(jié)腫大，全身不適，繼而出現(xiàn)上述呼吸道癥狀，可持續(xù)數(shù)周至數(shù)月。未經(jīng)治療100%死于呼吸衰竭。本病癥狀嚴(yán)重，但肺部體征較少，多數(shù)患者肺部聽診無異常，部分病人可聞及散在濕啰音。
本病診斷較困難，對高危人群結(jié)合臨床表現(xiàn)和X線檢查可考慮診斷，再借助病原體檢查以確診，痰找病原體陽性率極低，可用3%高滲鹽水霧化后誘導(dǎo)咳痰。支氣管肺泡灌洗(BAL)和經(jīng)纖支鏡肺活檢陽性率可達(dá)80%～100%。BAL可以與解剖檢查同期發(fā)現(xiàn)肺孢子蟲，可用于早期診斷。開胸活檢雖陽性率高，但不易為病人接受，且病情較重者，危險性大，目前已很少采用。近年主張以胸腔鏡活檢取代剖胸活檢。

本病應(yīng)與衣原體肺炎、肺結(jié)核、肺真菌感染等鑒別。