輕癥病人可無(wú)癥狀，重者臨床上多表現吞咽疼痛、咽下異物感、咽下不適，部分病人出現吞咽困難。最常見(jiàn)癥狀為疼痛性吞咽困難、胸骨下痛、嘔吐及胃腸道出血，可伴有真菌性口腔炎，黏膜上有很多小白點(diǎn)、片，脆弱易出血。內鏡檢查見(jiàn)白色或奶油樣小點(diǎn)或融合成假膜，食管黏膜有明顯充血、結節及潰瘍。
血清學(xué)試驗敏感性不高，確診依靠?jì)如R下細胞刷刷取白苔涂片檢查，顯微鏡下見(jiàn)到假菌絲、菌絲及酵母菌。活檢組織學(xué)檢查見(jiàn)到真菌成分也具有診斷價(jià)值，但敏感性較差。免疫機制受到損害的病人有疼痛性吞咽困難時(shí)，要高度懷疑食管念珠菌感染，口腔檢查發(fā)現黏膜上有典型真菌口腔炎的白色小點(diǎn)。念珠菌性食管炎病人中見(jiàn)到真菌性口腔炎者占20%～80%。肯定性診斷應在活檢中見(jiàn)到念珠菌侵犯組織。滲出物及組織的細菌學(xué)檢查有助于診斷。