因病原不同而異。一般應根據流行學(xué)史和臨床表現初步加以判斷。進(jìn)一步確診需依賴(lài)實(shí)驗室檢查。細菌性腸炎可作嘔吐物及大便培養，獲得病原菌即可確診。有些病原菌如沙門(mén)氏菌感染可作血培養。病毒性胃腸炎可用電子顯微鏡、免疫電鏡、免疫熒光及血清學(xué)檢查如補體結合試驗、酶聯(lián)免疫吸附法及放射免疫法等檢查病毒的抗原和抗體。也可用組織培養法分離病毒。寄生蟲(chóng)性腸炎可直接鏡檢，尋找病原體及其蟲(chóng)卵。真菌性腸炎可從大便中直接涂片，在顯微鏡下檢查真菌或作大便真菌培養。
(1)放射學(xué)鋇劑檢查：急性期一般不宜作鋇劑檢查。而特別注意的是重度潰瘍性結腸炎在作鋇灌腸時(shí)，有誘發(fā)腸擴張與穿孔的可能性。一般情況下，臨床有癥狀時(shí)只用刺激性不大的緩瀉劑，以免誘發(fā)急性發(fā)作。靜止期時(shí)應常規操作腸道準備。鋇灌腸對本病的診斷和鑒別診斷有重要價(jià)值。常規鋇灌腸X線(xiàn)檢查可見(jiàn)：①輕度潰瘍性結腸炎病人，X線(xiàn)檢查陰性，中度和重度患者則有典型表現。②結腸壁邊緣呈小鋸齒狀突出的鋇影及鐵軌樣皺襞相。③充盈缺損，假息肉形成，少數病例因結腸壁纖維化及息肉增生，可致腸腔變窄。④結腸袋消失或變淺，結腸縮短僵直，甚至如水管樣。⑤雪花征：由于微小潰瘍及糜爛而附著(zhù)鋇劑，鋇斑點(diǎn)，氣鋇雙重造影顯示如雪花。⑥排鋇異常。⑦直腸后間隙增大達2cm以上，表示直腸與直腸后組織有嚴重炎癥。⑧應注意結腸癌的有無(wú)。
(2)內窺鏡檢查：臨床上多數病變在直腸和乙狀結腸，采用乙狀結腸鏡檢查很有價(jià)值，對于慢性或疑為全結腸患者，宜行纖維結腸鏡檢查。一般不作清潔灌腸，急性期重型者應列為禁忌，以防穿孔。內窺鏡檢查有確診價(jià)值，通過(guò)直視下反復觀(guān)察結腸的肉眼變化及組織學(xué)改變，既能了解炎癥的性質(zhì)和動(dòng)態(tài)變化，又可早期發(fā)現癌前病變，能在鏡下準確地采集病變組織和分泌物以利排除特異性腸道感染性疾病。