巨痣癥病因尚不清楚，文獻(xiàn)報(bào)道與基因有關(guān)，但其遺傳形式尚不清楚。有學(xué)者認(rèn)為是常染色體顯性基因的變異表達(dá)，但缺乏正常人群的對(duì)照比較但同卵雙生中,只有一個(gè)發(fā)生巨痣，又否定了上述觀點(diǎn)。因此有人認(rèn)為，非常染色體顯性遺傳也非隱性遺傳，甚至無(wú)基因遺傳方面的證據(jù)。也有學(xué)者認(rèn)為是多因素遺傳，還有學(xué)者發(fā)現(xiàn)巨痣癥胎兒其胎盤(pán)也有巨大的黑色素病灶,而認(rèn)為巨痣是由胎兒血循環(huán)中痣細(xì)胞濾出而引起。