肺膿腫病因為各種化膿性細菌、分枝桿菌、真菌或寄生蟲(chóng)感染，最常見(jiàn)病原菌為厭氧菌(anaerobe)，如消化鏈球菌、梭形桿菌、產(chǎn)黑色素桿菌、脆弱類(lèi)桿菌、紫質(zhì)單胞菌等;其次為多種革蘭陰性菌和革蘭陽(yáng)性菌，如大腸埃希菌、克雷白桿菌、陰溝腸桿菌、弗勞地枸櫞酸桿菌、洛菲不動(dòng)桿菌、流感嗜血桿菌、副流感嗜血桿菌、軍團菌、金黃色葡萄球菌、鏈球菌、糞腸球菌，少見(jiàn)細菌有銅綠假單胞菌、肺炎鏈球菌等;此外，在糖尿病患者和免疫功能抑制者某些真菌感染可引起空洞，如奴卡菌、放線(xiàn)菌;寄生蟲(chóng)如溶組織阿米巴原蟲(chóng)，為一種重要的、但并不常見(jiàn)的肺膿腫病原菌，主要引起下葉基底部位的膿腫;分枝桿菌如結核分枝桿菌、鳥(niǎo)分枝桿菌及細胞內分枝桿菌等亦可引起肺膿腫。在院外獲得的肺膿腫中，厭氧菌感染占60%～85%，且多為幾種厭氧菌混合感染。新近的研究顯示，在分離的厭氧菌中，10%～15%的脆弱類(lèi)桿菌、60%的非脆弱類(lèi)桿菌以及40%的梭形桿菌可產(chǎn)生β內酰胺酶，因此耐青霉素的厭氧菌感染已成為一個(gè)不容忽視的問(wèn)題。院內獲得性肺膿腫中，常為革蘭陰性桿菌及陽(yáng)性球菌混合感染。