(一)治療
由于甲狀舌管囊腫經(jīng)常合并感染，并易于成瘺，且甲狀舌管瘺可長年遷延不愈。故本病一經(jīng)確診，多主張盡快手術治療。
1.Sistrunk手術
(1)手術時機：頸部甲狀舌管囊腫無感染者，1歲以上手術比較安全,如有感染趨勢者，應盡早手術;舌根部囊腫其發(fā)病率雖然只占本病的1%～2%，因影響呼吸道通暢或有吞咽困難，手術不受年齡限制，應盡早行Sistrunk手術;頸部感染者，待炎癥消退2～3個月后行Sistrunk手術。
(2)手術范圍：切除范圍包括囊腫、瘺管、舌骨中部以及舌盲孔周圍部分組織。
(3)操作要點：除兒童用全麻外，成人可選局部麻醉。剝離囊腫時應注意其底部及后上極，切勿遺留管狀物，應行帶部分肌肉的整塊切除。解剖到舌骨時，可將囊腫與舌骨粘連部顯露清楚，用骨剪于囊腫附著之兩側剪斷舌骨，剪除舌骨約1cm。此是手術成功的關鍵。剪斷舌骨后，解剖到舌盲孔，連同周圍部分組織做柱狀切除。術中勿暴力牽拉，以免囊壁或瘺管及其分支斷裂致部分殘留。對甲狀舌管瘺，手術開始時，可自瘺管內注入1%亞甲藍，以協(xié)助識別。瘺管行徑較長時，酌情采用“階梯式”平行切口。甲狀舌管瘺或已有繼發(fā)感染者，術后酌情應用抗生素。
(4)術后復發(fā)率：正確的Sistrunk手術后，復發(fā)率約為3%～5%，多數(shù)在術后1年之內復發(fā)。再次手術難度明顯增大。因此，必須盡可能提高首次手術的成功率。
常見復發(fā)原因：囊腫或瘺管繼發(fā)感染后，行Sistrunk手術時，由于解剖結構不清楚，沒有徹底切除甲狀舌管，尤其是舌骨中段以上的管狀組織塊的殘留易引起復發(fā)，故感染后手術者復發(fā)率比較高，約為7%;舌骨前面兩側殘留側支腺體、呼吸道上皮細胞、細小囊腫或其側支與舌內唾液腺相通;甲狀舌管囊腫或瘺管偏離頸中線未完全切除，也可能同時有鰓裂囊腫組織并存;甲狀舌管與甲狀腺粘連，甚至深入甲狀腺內以致甲狀舌管組織未徹底切除。
2.頸淋巴結清掃術 若為惡性腫瘤，由于癌灶一般較小，采用Sistrunk術式即可達到治愈目的。伴有頸淋巴結轉移時，則需行頸淋巴結清掃術。
3.甲狀腺素抑制治療 病理類型為乳頭狀癌或濾泡狀癌者，術后應采用甲狀腺素抑制治療。
4.放射治療 如為鱗狀細胞癌，則術后可行放射治療。
(二)預后
1.術后可復發(fā) 甲狀舌管囊腫手術切除后可有一定的復發(fā)率，文獻報道Sistrunk手術的術后復發(fā)率為3%～5%，但也有報告復發(fā)率高達26.9%。術后復發(fā)者其再次復發(fā)率可達33%。
2.有發(fā)生癌變的可能 1915年Ucherman首先描述了甲狀舌管囊腫癌變，至今文獻報道已超過150例，大部分為乳頭狀癌，也有濾泡狀癌、鱗癌等。但關于其來源仍有爭議，有人認為是隱匿性甲狀腺癌擴散而來，也有人認為是起源于甲狀舌管囊腫壁內的異位甲狀腺組織。