(一)阿米巴痢疾　起病一般緩慢，少有毒血癥癥狀，里急后重感較輕，大便次數(shù)亦較少，腹痛多在右側(cè)，典型者糞便呈果醬樣，有腐臭。鏡檢僅見少許白細胞、紅細胞凝集成團，常有夏科-雷登氏結(jié)晶體，可找到阿米巴滋養(yǎng)體。乙狀結(jié)腸鏡檢查，見粘膜大多正常，有散在潰瘍。本病易并發(fā)肝膿腫。
(二)流行性乙型腦炎　本病表現(xiàn)和流行季節(jié)與菌痢(重型或中毒型)相似，后者發(fā)病更急，進展迅猛、且易并發(fā)休克，可以溫鹽水灌腸并做鏡檢及細菌培養(yǎng)。此外，本病尚應(yīng)與沙門氏菌感染、副溶血弧菌食物中毒、大腸桿菌腹瀉、空腸彎曲菌腸炎、病毒性腸炎等相鑒別。慢性菌痢應(yīng)與慢性血吸蟲病、直腸癌、非特異性潰瘍性結(jié)腸炎等鑒別。