典型的沙眼，臨床上根據瞼結膜有乳頭和濾泡增生，角膜血管翳及結膜瘢痕的出現，較容易診斷。對早期沙眼的診斷尚有一定困難。有時(shí)只能初步診斷為“疑似沙眼”。根據1979年中華醫學(xué)會(huì )眼科分會(huì )的決定，沙眼診斷依據為：①上穹隆部和上瞼板結膜血管模糊充血，乳頭增生或濾泡形成，或二者兼有。②用放大鏡或裂隙燈檢查可見(jiàn)角膜血管翳。③上穹隆部或/和上瞼結膜出現瘢痕。④結膜刮片有沙眼包涵體。在第1項的基礎上，兼有其他3項中之一者可診斷沙眼。
疑似沙眼者：上穹隆部及眥部結膜充血，有少量乳頭(乳頭為正常組織)增生或濾泡，并已排除其他結膜炎者。 

 1.結膜濾泡癥(conjunctival folliculosis)常見(jiàn)于兒童，皆為雙側，無(wú)自覺(jué)癥狀。濾泡多見(jiàn)于下穹隆部與下瞼結膜。濾泡較小，大小均勻相似，半透明，境界清楚，濾泡之間的結膜正常，不充血，無(wú)角膜血管翳，無(wú)瘢痕發(fā)生。沙眼的濾泡多見(jiàn)于上穹隆部與上瞼結膜，混濁不清、大小不等、排列不整齊，并有結膜充血和肥厚等癥狀。
2.慢性濾泡性結膜炎(chronic follicular conjunctivitis) 常見(jiàn)于學(xué)齡兒童及青少年，皆為側，顆粒桿菌(B.granulosis)可能為其病因。晨起常有分泌物，眼部有不適感。濾泡多見(jiàn)于下穹隆與下瞼結膜，大小均勻，排列整齊;結膜雖充血，但不肥厚;1～2年后自愈，無(wú)瘢痕形成;無(wú)角膜血管翳。
3.春季結膜炎(vernal conjunctivitis)　此病有季節性，主要癥狀為刺癢。瞼結膜上的乳頭大而扁平且硬，上穹隆部無(wú)病變，易于鑒別。分泌物涂片中可見(jiàn)嗜酸細胞增多。
4.包涵體結膜炎(inclusion conjunctivitis)　成年人與新生兒包涵體性結膜炎在結膜刮片中皆可見(jiàn)包涵體，其形態(tài)與沙眼包涵體相同，難以分別。但包涵體性結膜炎皆以急性開(kāi)始，濾泡皆以下穹隆部與下瞼結膜為著(zhù)，無(wú)角膜血管翳，數月至1年即可自愈，并不形成瘢痕，可與沙眼鑒別。