結核性疾病在我國較為多見，因此結核性肛瘺在我國也不少見，其起病較緩慢，局部疼痛不劇烈，較長時間才有破潰瘺外口；流出的膿稀薄，色白；內口較大，邊緣不整齊；外口較多，邊緣常凹陷；瘺管分支較多，情況較一般肛瘺復雜，具體癥狀如下：
結核性肛瘺患者，常伴有全身癥狀，如低熱、消瘦、貧血、納差、乏力、盜汗、咳血等。在治療中較化膿性肛瘺困難。

 會陰部尿道瘺：這種瘺管是尿道球部與皮膚相通，常在泌尿生殖三角區(qū)內，排尿時尿由瘺口內流出。
先天性瘺：由骶尾部囊腫化膿破裂形成，原發(fā)外口常在臀溝中點，尾骨尖附近。瘺內可見毛發(fā)，由胚胎發(fā)生。
骶尾部瘺：常由臀部損傷，如打擊、腳踢和擦傷引起，在骶尾部形成膿腫，從而形成瘺管。
肛門周圍化膿性汗腺炎 這是最易被誤診為肛瘺的肛門周圍皮膚病，因其主要特征是肛周有膿腫形成和遺留竇道。竇道處常有隆起和膿液，有多個外口，故易誤診為多發(fā)性肛瘺或復雜性肛瘺。鑒別要點是肛周化膿性汗腺炎的病變在皮膚及皮下組織，病變范圍廣泛，可有無數(shù)竇道開口，呈結節(jié)狀或彌漫性，但竇道均淺，不與直腸相通，切開竇道后無膿液和瘺管，亦無內口。Wiltz報道43例肛周化膿性汗腺炎，35例初診為肛瘺、藏毛囊腫、竇道和肛管膿腫，確診前多有6年以上病史。
骨盆骨髓炎 骨盆化膿性或結核性病變引起的骨盆骨髓炎，常在會陰部發(fā)生竇道，與肛瘺的外口極為相似。但前者無內口，X線片顯示骨盆有病變。
骶骨前瘺 由骶骨與直腸之間的膿腫在尾骨附近穿破形成，瘺管位于骶骨凹內，外口常位于尾骨尖兩側，探針可探入8～10cm，瘺管與直腸平行。
骶尾部骨結核 發(fā)病緩慢，無紅腫熱痛等急性炎癥變化，破潰后流出稀薄膿液，外口較大，邊緣不整齊，且經(jīng)久不愈。X線片顯示骶尾骨有骨質損害和結核病灶。
骶尾部畸胎瘤 破潰后可形成尾骨前瘺或直腸內瘺。大型畸胎瘤可突出骶尾部，容易診斷;小型無癥狀的腫瘤，可在直腸后方捫及平滑、有分葉的腫塊。X線片可見骶骨和直腸之間有腫塊，內有不定形的散在鈣化陰影，可見骨質或牙。
.晚期肛管直腸癌 破潰后可形成肛瘺，特點是腫塊堅硬，分泌物為膿血，惡臭。病理切片可確診。