1.潛伏期 一般為10～15天，最短2天，長(cháng)者可達35天。
2.前驅期 一般數小時(shí)至3天，部分患者和重型患者前驅期不明顯。前驅期主要表現為低熱、頭昏、乏力、全身不適、四肢酸痛。大多數患者為急性發(fā)病，呈急性型經(jīng)過(guò)。
3.急性期病程 一般為2～3周。
(1)發(fā)熱：一般起病2～3天發(fā)熱達高峰(39.5～4l℃)，大多數患者持續5～10天，然后階梯狀下降，經(jīng)2～3天下降至正常。熱型多為弛張熱，部分患者可出現稽留熱或不規則熱。
(2)全身中毒癥狀：高熱時(shí)伴頭痛、全身肌肉痛、無(wú)力、食欲缺乏、惡心、嘔吐等，并由于血管運動(dòng)中樞的損害，患者還可出現面部、頸部潮紅，結膜充血，脈搏緩慢。部分重癥患者有心肌炎表現，常有心音低鈍，心率增快，心電圖檢查有T波改變。嚴重患者可以突然出現心功能不全，急性肺水腫等。
(3)意識障礙和精神損害：約半數以上患者有不同程度神志、意識變化，如昏睡、表情淡漠、意識模糊、昏迷，亦可出現譫妄和精神錯亂。
(4)腦膜受累的表現：最常見(jiàn)的癥狀是劇烈頭痛，以顳部及后枕部持續鈍痛多見(jiàn)，有時(shí)為爆炸性和搏動(dòng)性，呈撕裂樣全頭痛，伴惡心、嘔吐、頸項強直，腦膜刺激征。一般持續5～10天，可和昏迷同時(shí)存在，當意識清醒后，還可持續存在1周左右。
(5)肌肉癱瘓：以頸肌及肩胛肌與上肢聯(lián)合癱瘓最多見(jiàn)，下肢肌肉和顏面肌癱瘓較少，癱瘓多呈弛緩型，此與乙型腦炎不同。一般出現在病程第2～5天，大多數患者經(jīng)2～3周后逐漸恢復，少數留有后遺癥而出現肌肉萎縮，成為殘廢。由于頸肌和肩胛肌癱瘓而出現本病特有頭部下垂表現，肩胛肌癱瘓時(shí)，手臂搖擺無(wú)依狀態(tài)。
(6)神經(jīng)系統損害的其他表現：部分患者出現錐體外系統受損征，如震顫、不自主運動(dòng)等。偶爾可見(jiàn)語(yǔ)言障礙、吞咽困難等延髓麻痹癥狀，或中樞性面神經(jīng)和舌下神經(jīng)的輕癱。
4.恢復期 此期持續平均10～14天，體溫下降，肢體癱瘓逐步恢復，神志轉清，各種癥狀消失。
森林腦炎一般病程14～28天，但有少數患者可留有后遺癥，如失語(yǔ)、癡呆、吞咽困難、不自主運動(dòng)，還有少數病情遷延可達數月或1～2年之久，患者表現為弛緩性癱瘓、癲癇及精神障礙。
近年來(lái)國內報告，急性期患者的臨床癥狀較過(guò)去有所減輕，病死率也明顯降低，可能與采取免疫注射，加強對癥治療有關(guān)。
5.臨床分型 按病情輕重分為下列4型。
(1)重型：突發(fā)高熱、頭痛、昏迷、迅速出現腦膜刺激征及頸肌和肢體肌肉癱瘓，或在發(fā)病短期出現上行性麻痹。危重患者如搶救不及時(shí)，可于1～2天內死亡，少數5～10天內或遷延數月因呼吸衰竭等而死亡。
(2)普通型(中型)：出現高熱、頭痛、嘔吐及腦膜刺激征，伴有不同程度肌肉癱瘓，多在7～10天體溫降至正常。
(3)輕型：多有發(fā)熱、頭痛、頭昏、食欲缺乏和全身酸痛等全身感染癥狀及腦膜刺激征，腦癥狀不明顯。多在5～7天體溫開(kāi)始下降，逐步降至正常，無(wú)后遺癥。
(4)頓挫型：僅有輕度頭痛，可有惡心、嘔吐,體溫38℃左右，維持l～3天即迅速下降。
6.按臨床神經(jīng)系統表現與病理特點(diǎn)的分型
(1)腦膜炎型：主要是頭痛、惡心、嘔吐及頸項強直等腦膜受累的臨床表現，而無(wú)癱瘓或意識障礙。
(2)腦膜腦炎型：除腦膜炎型癥狀外尚可出現不同程度的意識障礙，可伴有驚厥、錐體束征或錐體外系統體征。
(3)腦干型：除腦膜腦炎癥狀，還有腦干運動(dòng)神經(jīng)核損害表現。如面神經(jīng)和舌下神經(jīng)癱瘓，語(yǔ)言障礙和吞咽困難等表現。
(4)脊髓灰質(zhì)炎型：主要表現為肌肉弛緩性癱瘓。
(5)上升型(Landry型)：開(kāi)始癥狀輕，下肢出現癱瘓，此后病變隨神經(jīng)通路上升至頸部，可致周?chē)院粑楸裕詈鬄檠铀杪楸浴?br /> (6)混合型：是臨床上癥狀最重的一型，具有上述幾型臨床綜合表現，病死率極高。
診斷依據流行季節(春秋季5～7月)在疫區曾有蜱叮咬病史，或飲生奶史。臨床表現有高熱、頭痛、惡心、嘔吐、頸肌癱瘓;白細胞升高，腦脊液壓力增高，細胞數及蛋白質(zhì)輕度增加;血清學(xué)檢測補體結合、血凝抑制、ELISA試驗陽(yáng)性，或RT-PCR檢查陽(yáng)性。

需與結核性腦膜炎、化膿性腦膜炎、流行性乙型腦炎、流行性腮腺炎、脊髓灰質(zhì)炎、柯薩奇及埃可病毒等所致中樞神經(jīng)系統感染等鑒別。
1.流行性乙型腦炎 流行季節為夏秋季，發(fā)病年齡主要是10歲以下兒童，發(fā)病地區主要在溫帶及亞熱帶，臨床表現急性期以肌張力升高、強直性痙攣多見(jiàn)，一般不出現弛緩型癱瘓和肌肉萎縮。
2.脊髓灰質(zhì)炎 多見(jiàn)于幼兒，一般是肢體弛緩性癱瘓，而頸肌、肩胛肌癱瘓使頭下垂者少見(jiàn)，鮮有意識障礙。
3.感染性多發(fā)性神經(jīng)炎 亦可出現肌肉弛緩性癱瘓，但一般呈對稱(chēng)性，且常伴有感覺(jué)障礙。