潛伏期從尾蚴侵入至尿中出現蟲(chóng)卵為10～12周。
1.急性期 在本病流行區，患者大多為重復感染，故急性期癥狀少見(jiàn)。僅少數患者有發(fā)熱、頭痛、乏力等全身癥狀。蕁麻疹常見(jiàn)。并有腹痛與肝、脾腫大。血象中嗜酸性粒細胞顯著(zhù)增多。臨床表現與急性日本血吸蟲(chóng)病相似，但較輕。
2.慢性期 早期癥狀為無(wú)痛性終末血尿，可持續數月或數年，而無(wú)其他癥狀，但以后逐漸出現尿頻、尿痛等慢性膀胱炎癥狀，繼而導致排尿困難、泌尿道阻塞、腎盂積水、逆行性細菌感染，最后引起腎衰竭。
膀胱鏡檢查可見(jiàn)膀胱壁上由大量蟲(chóng)卵肉芽腫形成的沙斑(sandy patches)，黏膜增生性炎癥與乳突狀生長(cháng)，以及由尿酸、草酸與磷酸鹽組成的結石。在埃及，83.1%膀胱癌患者有埃及血吸蟲(chóng)病變，故埃及血吸蟲(chóng)病可能誘發(fā)癌變。該類(lèi)患者年齡較輕，在40歲左右，大多為完全分化的鱗狀細胞癌;轉移較少見(jiàn)，而且出現較遲。
(1)肝腸癥狀：遠較日本血吸蟲(chóng)病少而輕，出現較遲。主要是結腸與肝門(mén)脈周?chē)上x(chóng)卵肉芽腫引起，從腹瀉與痢疾患者糞便中排出蟲(chóng)卵。肝脾腫與肝纖維化等癥狀一般較輕。
(2)肺部癥狀：較為少見(jiàn)。患者訴乏力、頭昏、頭痛、心悸、心前區隱痛。約1/3患者勞累后發(fā)生暈厥。胸部X線(xiàn)檢查可見(jiàn)肺動(dòng)脈顯著(zhù)擴張。心電圖可見(jiàn)P波高聳與右心室肥大。在晚期可并發(fā)右心衰竭，因本病為阻塞性肺心病，無(wú)心肌損傷，故發(fā)生較遲。根據埃及報告，臨床上僅0.8%～1%患者引起肺心病。血吸蟲(chóng)性肺心病僅占心臟病患者總數的4%。
(3)生殖系統癥狀：男性患者前列腺可因蟲(chóng)卵沉積發(fā)生炎癥，質(zhì)變硬。有時(shí)從精液中可發(fā)現大量蟲(chóng)卵。蟲(chóng)卵經(jīng)腸系膜靜脈吻合支抵達精索靜脈，可引起精索與附睪病變。由于鞘膜纖維化使陰囊淋巴管阻塞，回流不暢，可引起陰莖龜頭像皮腫。女性患者生殖系統癥狀較不明顯，可有宮頸、陰道與陰唇病變。輸卵管與子宮炎較少見(jiàn)。
在本病流行區有無(wú)痛性終末血尿患者應懷疑為埃及血吸蟲(chóng)病。診斷依賴(lài)從尿中發(fā)現有尾刺的蟲(chóng)卵。取最后幾滴血尿離心沉淀后直接涂片檢查可發(fā)現蟲(chóng)卵。尿沉渣孵化，于10min至2h，即可見(jiàn)毛蚴。從膀胱鏡直接取材做活組織檢查，用壓片法可查見(jiàn)大量蟲(chóng)卵。從尿中排出的大多是活卵，但也有為鈣化蟲(chóng)卵。直腸黏膜活組織檢查有時(shí)也可發(fā)現蟲(chóng)卵。免疫學(xué)試驗由于應用的抗原為屬特異性與曼氏血吸蟲(chóng)病有交叉反應，兩者不能鑒別，但對急性期有早期診斷價(jià)值。

埃及血吸蟲(chóng)病臨床癥狀復雜，主要需與泌尿系統疾病，如腎結石、腎炎、腎結核、膀胱癌，膀胱炎等鑒別。