結(jié)腸小袋纖毛蟲感染后多數(shù)人并無癥狀，發(fā)病者不足1/5，臨床表現(xiàn)可分為急性和慢性兩型。
1.急性型 起病急驟。腹瀉明顯，每天數(shù)次或十余次，嚴(yán)重者可達(dá)數(shù)十次之多。大便有黏液或膿血，但多無阿米巴痢疾的腥臭味。腹痛常見并伴有里急后重，臍周或雙下腹有壓痛?；颊叨嘤胁灰?guī)則發(fā)熱、惡心嘔吐、乏力及食欲減退。嚴(yán)重患者可導(dǎo)致脫水、營養(yǎng)不良及消瘦，偶可導(dǎo)致腸穿孔。本型病程較短，往往不治自愈。
2.慢性型 起病隱匿，以反復(fù)發(fā)作的腹瀉為主要表現(xiàn)，病程可長達(dá)數(shù)月至數(shù)年，并呈周期性發(fā)作，常因勞累、受涼、飲酒或進(jìn)食脂肪食物而誘發(fā)。大便每天數(shù)次，多為糊狀或水樣，有黏液但膿血少見。少數(shù)患者表現(xiàn)為腹瀉與便秘交替。患者多伴有腹脹，陣發(fā)性腹痛，腸鳴音活躍，雙下腹壓痛等。病程長者可有消瘦、貧血、體重下降、易激動、失眠等。
對急、慢性腹瀉病因不明，按細(xì)菌性痢疾治療無效者，應(yīng)考慮原蟲性腹瀉的可能性。若患者有與豬密切接觸，則應(yīng)高度警惕本病存在。糞便或腸黏膜組織活檢發(fā)現(xiàn)本蟲滋養(yǎng)體或包囊即可確診。結(jié)腸小袋纖毛蟲可在多種溶組織內(nèi)阿米巴培養(yǎng)基中生長，必要時可取新鮮糞便進(jìn)行培養(yǎng)幫助診斷。

本病須與阿米巴痢疾、細(xì)菌性痢疾、梨狀鞭毛蟲病、非特異性潰瘍性結(jié)腸炎、腸結(jié)核等病相鑒別。