腸道病毒感染時(shí)，臨床表現極為多樣化，病情輕重差異懸殊，同型病毒有不同臨床表現，不同型病毒可有相似癥狀，故單從臨床表現難以判定型別。常為多種表現同時(shí)存在。
1.神經(jīng)系統感染
(1)腦膜腦炎：一般認為該兩種病毒可引起腦炎及無(wú)菌性腦膜炎綜合征。其實(shí)，從臨床表現及病理改變而言，兩種病變無(wú)法區別，且多有并存，故可稱(chēng)為腦膜腦炎。已知柯薩奇病毒中A組12個(gè)型、B組中6個(gè)型，埃可病毒中幾乎所有的型，均可引起腦膜腦炎。一般發(fā)病急，均有發(fā)熱，輕重不等，以輕型為多。輕者可無(wú)腦膜腦炎的臨床表現及體征，腦脊液檢查異常才被發(fā)現。常見(jiàn)癥狀和體征有惡心、嘔吐、頭痛、腦膜刺激癥狀等。同時(shí)伴有咽痛、腹痛、腹瀉等非特異性表現。腦脊液所見(jiàn)與其他病毒引起的腦膜腦炎相似，細胞數輕度增高，分類(lèi)早期中性粒細胞為主，后期以淋巴細胞為主。糖和氯化物正常，蛋白輕度增高。
(2)癱瘓疾病：與脊髓灰質(zhì)炎相比，該兩種病毒引起癱瘓發(fā)生率低，癥狀輕，恢復快，預后好。柯薩奇A組中有6個(gè)型，B組中有4個(gè)型，埃可中10個(gè)型，均可引起癱瘓性疾病。
2.心臟疾病 此兩種病毒可引起心肌-心包炎，侵犯心內膜者少。柯薩奇病毒A組中9個(gè)型、B組中6個(gè)型，埃可病毒中11個(gè)型，可累及心臟。有報道在柯薩奇病毒流行時(shí)，約33%患者有各種類(lèi)型的心臟病。可發(fā)生于各年齡組，包括新生兒和成人。新生兒患病可為胎內感染，病情重，預后差，可發(fā)生猝死或慢性充血性心力衰竭。心肌-心包炎的輕重程度懸殊，輕者僅有心電圖改變，重者出現面色蒼白、發(fā)紺、咳嗽、呼吸困難，心率增快，各種心律異常，心臟擴大，心音低鈍，可聞雜音(心尖部收縮期)，肺部啰音，肝臟增大。臨床根據心電摩擦音，臥位透視心腰部增寬，B超心包腔有積液而診斷心包炎。部分病例可發(fā)展為慢性心肌炎、心肌病、縮窄性心包炎和心內膜彈力纖維增生癥。心肌缺血和梗死是導致猝死的主要原因。
3.呼吸道感染 埃可及柯薩奇病毒許多型可引起上呼吸道感染，少數引起下呼吸道感染。皰疹性咽峽炎是由柯薩奇病毒引起，埃可病毒也可為病原。傳染性強，可發(fā)生流行。由于型別不同，同一患兒可多次發(fā)生。突然出現發(fā)熱、咽痛、頭痛、腹痛，咽部初起充血，繼而出現灰白色皰疹，皰疹破崩，形成黃色潰瘍。可見(jiàn)于扁桃體前弓，軟腭，懸雍垂及扁桃體上，但不出現于齒齦及頰黏膜處。4～6天自愈，少數至2周。
4.發(fā)疹性疾病 皮疹出現于其他部位感染時(shí)，僅為一種表現。皮疹的形態(tài)、數量和分布變化多。可為斑疹、斑丘疹、水皰疹、蕁麻疹、偶見(jiàn)瘀點(diǎn)。部位不定。口腔黏膜也可見(jiàn)到，且可形成潰瘍。一般2～4天消退，不留痕跡。
有一種手、足、口病，主要由柯薩奇病毒A16 、A5、A10引起。多見(jiàn)于4歲以?xún)饶暧變骸Ｆ涮攸c(diǎn)為口腔內見(jiàn)小皰疹或潰瘍，位于舌、頰黏膜及硬腭處，偶見(jiàn)于軟腭、牙齦、扁桃體。四肢，尤以手足部可見(jiàn)斑丘疹或皰疹，偶見(jiàn)腿、臂和軀干，數量多少不定。病程短，可伴發(fā)熱，以低熱為多。
5.腹瀉 腹瀉可見(jiàn)于四季，尤以夏秋季為多。多見(jiàn)于嬰幼兒，為嬰幼兒腹瀉的常見(jiàn)病因。大便多為黃色或黃綠色稀便，可帶黏液，偶見(jiàn)少量血液。每天5～6次至10余次，出現脫水者少。多在1～2天恢復。
6.其他疾病 尚可見(jiàn)流行性胸痛或肌痛，以胸痛為主者以胸、腹及膈肌附著(zhù)點(diǎn)處明顯，尚有四肢肌肉酸痛，全身肌痛。疼痛程度不等，輕者感緊壓樣及脹痛，重者似刀割、針刺。胸腹痛時(shí)咳嗽及深呼吸時(shí)加劇，腹部可有壓痛，甚至腹肌痙攣及強直。尚有發(fā)熱、咽痛、頭痛、咳嗽、嘔吐、腹瀉等表現。
流行性急性結膜炎，由新發(fā)現的腸道病毒70型引起。主要表現為眼結膜紅、腫、痛，流淚伴膿性分泌物，病程1～2周。
腸道病毒感染的表現是多方面的，幾乎涉及各個(gè)系統。因此，嬰幼兒感染性疾病時(shí)要想到本病的可能。同時(shí)結合流行病史，結合必要的實(shí)驗室檢查確診。但健康人可帶有該病毒，不能從咽拭子或糞便中分離出病毒就作為最后診斷的依據。抗原-抗體測定有診斷價(jià)值，但因分型過(guò)多，無(wú)法測定所有的類(lèi)型。

由于臨床表現為多方面，因此需要鑒別的疾病種類(lèi)也很多。最主要是腦膜腦炎、心肌-心包炎、發(fā)疹性疾病和嬰兒腹瀉。
1.與病毒性腦炎相鑒別 從腦脊液的特征主要與其他病毒性腦炎相鑒別，除抗原-抗體的檢測外，用其他方法難以區別。當然，其他病毒腦炎尚有其他伴隨表現。
2.與其他心肌、心包炎鑒別 心肌-心包炎需與其他病毒或細菌引起的心肌、心包炎鑒別。因年長(cháng)兒少見(jiàn)，且不伴心內膜病變，與風(fēng)濕熱鑒別，無(wú)實(shí)際意義。
3.消化不良、輪狀病毒腸炎、致病性大腸埃希桿菌腸炎等鑒別 嬰兒腹瀉需與消化不良、輪狀病毒腸炎、致病性大腸埃希桿菌腸炎等鑒別。
4.與麻疹、風(fēng)疹、幼兒急疹、藥物疹、變應性敗血癥等鑒別 皮疹需與麻疹、風(fēng)疹、幼兒急疹、藥物疹、變應性敗血癥等鑒別。