本型患兒臨床表現輕重不一：重癥在新生兒期即可出現嚴重低血糖、酸中毒、呼吸困難和肝臟增大等癥狀;輕癥病例則常在嬰幼兒期因生長(cháng)遲緩、腹部膨脹等而就診。由于慢性乳酸酸中毒和長(cháng)期胰島素/胰高糖素比例失常，患兒身材明顯矮小，骨齡落后，骨質(zhì)疏松。腹部因肝臟持續增大而顯著(zhù)膨隆;肌肉松弛，四肢伸側皮下常有黃色瘤可見(jiàn);但身體各部比例和智能等都正常。患兒時(shí)有低血糖發(fā)作和腹瀉發(fā)生。少數嬰幼兒在重癥低血糖時(shí)尚可伴發(fā)驚厥，但亦有血糖降至0.56mmol/L(10mg/dl)以下而無(wú)明顯癥狀者，隨著(zhù)年齡的增長(cháng)，低血糖發(fā)作次數可以減少。由于血小板功能不良，患兒常有鼻出血等出血傾向。
病史、體征和血生化檢測可供做出初步臨床診斷。糖代謝功能試驗可能有助于診斷，如：糖耐量試驗中因患兒胰島素分泌不足，呈現典型糖尿病特征;胰高糖素或腎上腺素試驗亦不能使患兒血糖明顯上升，注射胰高糖素后，血乳酸明顯增高;由于患兒不能使半乳糖或果糖轉化為葡萄糖，因此在半乳糖或果糖耐量試驗中血葡萄糖水平不見(jiàn)升高。這類(lèi)功能試驗雖有避免肝臟活組織檢查的優(yōu)點(diǎn)，但由于本病患兒對此類(lèi)試驗反應的個(gè)體變異較大，故仍應以肝組織的糖原定量和葡萄糖-6-磷酸酶活性測定作為確診依據。

正常人注射胰高血糖素30min之內，血糖至少增高3.9mmol/L;而此種病人血糖增高卻<1.7mmol/L。空腹和進(jìn)食后皆如此，依此可與GSD-Ⅲ相鑒別，后者如在進(jìn)餐后2h給予胰高血糖素，血糖濃度將明顯增高。腎上腺素耐量試驗并不優(yōu)于胰高血糖素耐量試驗，并可能引起不良副作用。給此型病人進(jìn)食半乳糖或果糖不導致血糖水平增高，此種耐量試驗當盡量不做，因可導致嚴重酸中毒。