有可疑病史或阿米巴肝膿腫、阿米巴痢疾的病史。
1.腎、膀胱阿米巴病 可出現腎區鈍痛、畏寒、發(fā)熱、尿頻、尿急、尿痛等癥狀，腎區持續性鈍痛或劇痛，伴發(fā)腰肌緊張和強直。可出現米湯樣尿或果醬樣尿，有時(shí)還可出現爛魚(yú)腸樣腐敗組織，是阿米巴膀胱炎特征癥狀。
2.陰莖阿米巴病 陰莖皮膚表面可出現不規則的表淺潰瘍，邊緣隆起，表面覆以血性或膿性分泌物。
對有典型阿米巴感染史伴有泌尿生殖系統癥狀者，應高度懷疑本病，實(shí)驗室及血清學(xué)檢查為確定診斷的重要依據。

1.急性腎盂腎炎 亦有腰痛、發(fā)熱以及尿頻、尿急、尿痛癥狀，與腎、膀胱阿米巴病的癥狀相似。但本病為女性常見(jiàn)病，既往無(wú)阿米巴痢疾和肝膿腫病史。無(wú)米湯樣尿或果醬樣尿癥狀，腰腹部未觸及腫塊。尿沉渣涂片及細菌培養均為致病細菌，而無(wú)阿米巴滋養體發(fā)現。
2.膿腎 主要表現為反復發(fā)作的腰痛，常伴尿頻、尿急、尿痛，有時(shí)有膿尿。尿常規檢查有大量膿細胞，尿液培養陽(yáng)性，但無(wú)果醬樣尿。尿中亦無(wú)腐肉樣組織，尿液和膿腫穿刺抽出膿液中無(wú)阿米巴滋養體或包囊。可與腎阿米巴病鑒別。
3.腎結核 也表現為反復的尿頻、尿急、膿尿、血尿伴有低熱和消瘦，也可有米湯樣尿。但病人常同時(shí)有肺結核病史。尿沉渣涂片抗酸染色可發(fā)現抗酸桿菌但無(wú)果醬樣尿，找不到阿米巴滋養體或包囊，也無(wú)腐肉樣組織。IVU可見(jiàn)腎盂腎盞邊緣模糊，有蟲(chóng)蝕狀改變。紅細胞沉降率(血沉)增加。可與腎阿米巴病鑒別。
4.腎周?chē)缀湍I周?chē)撃[ 也表現為發(fā)熱、腰痛，腰椎向患側彎曲，肢體活動(dòng)受限，有時(shí)可伴尿頻、尿急、尿痛。與腎、膀胱阿米巴病的癥狀相似。但病人無(wú)阿米巴病感染史，無(wú)果醬樣尿，尿中亦無(wú)腐肉樣組織，膿腫穿刺抽出膿液中無(wú)阿米巴滋養體或包囊。
5.腎腫瘤 有時(shí)也可表現為發(fā)熱、腰痛及肉眼血尿，體檢時(shí)可捫及腎臟腫塊。但患者無(wú)果醬樣尿，尿中亦無(wú)腐肉樣組織，尿液和膿腫穿刺抽出膿液中無(wú)阿米巴滋養體或包囊。B超及CT檢查對診斷有幫助。可與腎阿米巴病鑒別。
6.陰莖癌 亦有陰莖頭部潰瘍，且表面有膿血性分泌物，與陰莖阿米巴病的表現相似。但陰莖癌多有包莖或包皮過(guò)長(cháng)，發(fā)病早期表現為陰莖頭部丘疹、疣狀物，以后發(fā)展為菜花狀，繼而局部糜爛形成潰瘍，活組織檢查可確定診斷。
7.陰莖放線(xiàn)菌病 可見(jiàn)陰莖部多發(fā)性潰瘍及血性分泌物，與陰莖阿米巴病有相似之處。但本病陰莖頭潰瘍較表淺，表面肉芽呈紫紅色，邊緣隆起，底部有血清滲出。分泌物鏡檢可發(fā)現“硫黃顆粒”。局部活組織檢查可見(jiàn)肉芽腫性結構，有顆粒狀菌塊，但找不到阿米巴滋養體。
8.急性膀胱炎 也表現為尿頻、尿急、尿痛等膀胱刺激癥狀。但無(wú)米湯樣尿、果醬樣尿，尿中也無(wú)腐肉樣組織，尿液檢查中找不到阿米巴滋養體及阿米巴包囊。可與腎、膀胱阿米巴病鑒別。
9.膀胱結核 也表現為尿頻、尿急、尿痛等膀胱刺激癥狀。但病人常有肺或腎結核病史，無(wú)果醬樣尿，尿中也無(wú)腐肉樣組織。尿液檢查找不到阿米巴包囊。IVU可見(jiàn)腎實(shí)質(zhì)破壞性改變。