非結核分枝桿菌可引起肺部和肺外病變，臨床表現不一。非結核分枝桿菌肺病臨床表現酷似肺結核，多數病人起病較緩，有咳嗽、咳痰、痰血、低熱、消瘦和乏力等。亦可無(wú)明顯癥狀或僅略有咳嗽、咳痰，而由肺部X線(xiàn)檢查發(fā)現病變。亦可有高熱、畏寒、咳嗽、胸痛，類(lèi)似肺部急性感染。部分人因合并其他肺部病變，如慢性阻塞性肺病，支氣管擴張癥，囊性纖維化、肺結核、肺塵埃沉著(zhù)病，或合并全身疾病，如糖尿病，或因長(cháng)期使用糖皮質(zhì)激素類(lèi)藥物，以致臨床表現互相混淆，不易辨別、HIV感染及AIDS患者并發(fā)非結核分枝桿菌肺病或播散性非結核分枝桿菌病臨床表現更不典型。
非結核分枝桿菌肺外病變包括：淋巴結炎，皮膚軟組織感染，骨關(guān)節病變、生殖系統、消化系統和神經(jīng)系統病變，及全身播散性病變。
非結核分枝桿菌肺病的診斷需結合接觸史，易感性，基礎疾病，臨床表現，胸部X線(xiàn)表現，病原菌檢查，甚至病理組織學(xué)檢查，作綜合判斷。
1.胸部X線(xiàn)檢查 胸部X線(xiàn)平片常顯示單、雙側上肺野纖維結節狀陰影，當病情進(jìn)展時(shí)病灶擴大融合，且邊界模糊，并出現薄壁空洞，空洞周?chē)櫦安ド⒉≡钶^少，慢性空洞呈厚壁和蜂窩狀影，兩肺下葉尖段病灶亦常見(jiàn)。糖尿病及其他免疫抑制者常表現為中、下野小結節狀病灶，較少見(jiàn)胸腔積液，高分辨度胸部CT掃描能更清晰顯示肺部病灶，以及伴隨的多發(fā)性支氣管擴張。
2.細菌學(xué)檢查 痰和支氣管肺泡灌洗液涂片和培養為最常見(jiàn)的檢查方法，涂片抗酸染色(Ziehl-Neelsen)陽(yáng)性，但檢出率低，且不能與結核分枝桿菌作鑒別。需作培養和生化檢查如煙酸試驗、過(guò)氧化氫酶試驗和芳香硫酸酯酶活性等。
但檢驗費時(shí)，不能及早得到檢驗結果，近年有一些快速培養和菌型鑒定方法已有臨床應用，例如BACTEC液體放射核素培養基結合核酸探針，可以顯著(zhù)節省檢測時(shí)間，對常見(jiàn)的鳥(niǎo)復合分枝桿菌、堪薩斯分枝桿菌等能提供迅速、準確的診斷，但由于基因的異質(zhì)性，因此對某些結核分枝桿菌檢測的敏感性不高，非結核分枝桿菌對常用抗結核藥物的耐藥發(fā)生率高，因此應作耐藥性測定。
由于非結核分枝桿菌肺病臨床表現往往與肺結核相混淆，影響診斷和治療，因此“肺結核"患者有下列情況時(shí)，在進(jìn)行抗結核藥物治療的同時(shí)，應作非結核分枝桿菌檢查。
(1)痰培養陽(yáng)性，但菌落形態(tài)及發(fā)生情況與人型結核桿菌不符。
(2)初治患者首次分離出分枝桿菌對一、二線(xiàn)抗結核藥物耐藥。
(3)患者經(jīng)用各種抗結核藥物治療無(wú)效，痰菌持續陽(yáng)性。
(4)新發(fā)現肺結核病患者，病變廣泛有空洞而癥狀輕微，經(jīng)正規化療3～6個(gè)月仍排菌，或無(wú)空洞的浸潤病變，經(jīng)正規化療6個(gè)月以上仍排菌者。
(5)伴有免疫缺陷的肺病患者，如糖尿病、硅沉著(zhù)病、長(cháng)期使用免疫抑制劑及HIV/AIDS患者。
(6)痰中發(fā)現抗酸桿菌，而臨床表現與肺結核不相符者。
3.非典型(非結核)分枝桿菌肺病診斷試行方案(中華醫學(xué)會(huì )結核病科學(xué)會(huì )，1988年)
(1)胸片：有異常陰影，病變常與排菌有平行關(guān)系，且已除外肺結核感染者。
(2)細菌檢查：
①新發(fā)現病例1個(gè)月內3次培養中2次有同一病原性分枝桿菌。
②慢性肺部病變患者6個(gè)月內每月作1次痰培養，3次以上證明為同一種病原性分枝桿菌。
③在經(jīng)滅菌消毒的穿刺物、活檢、手術(shù)標本、活檢肺病灶中發(fā)現的非結核分枝桿菌，而無(wú)其他致病菌者(注：診斷為細胞內分枝桿菌感染，痰培養菌落至少有1次在100以上)。
4.非結核分枝桿菌病的診斷標準(美國胸病學(xué)會(huì )，1997)
(1)臨床標準：
①臨床癥狀、體征：常見(jiàn)咳嗽、疲乏，病情較重者有發(fā)熱，體重減輕，咯血和氣促，有基礎病者臨床癥狀?lèi)夯?br /> ②排除其他疾病：如結核，腫瘤，組織胞漿菌病。
(2)X線(xiàn)標準：
①浸潤性病灶，伴有或不伴有結節性病灶(持續≥2個(gè)月，或有進(jìn)展);空洞性病變;單個(gè)或多個(gè)結節。
②HRCT示多個(gè)小結節或多灶性支氣管擴張有或不伴有肺部小結節。
(3)細菌學(xué)標準：
①1年內至少有3份痰或支氣管灌洗標本，其中3次培養陽(yáng)性，而AFB涂片陰性，或2次培養陽(yáng)性，1次AFB涂片陽(yáng)性。
②若僅得到1份支氣管灌洗標本，未能得到痰標本，培養陽(yáng)性，同時(shí)涂片陽(yáng)性達? 。
③若痰或支氣管灌洗液標本提示未能確診或未排除其他疾病，經(jīng)支氣管活檢或肺活檢做細菌培養及組織病理學(xué)檢查得到陽(yáng)性結果。
HIV血清實(shí)驗陰性患者發(fā)病的危險因素包括：局部免疫抑制，如酒精中毒，支氣管擴張，發(fā)紺性心臟病，囊性纖維化，肺纖維化，吸煙及慢性阻塞性肺病。全身嚴重免疫抑制，如白血病，淋巴瘤，器官移植和其他免疫抑制劑治療，HIV血清試驗陽(yáng)性，CD4<200。

非結核分枝桿菌肺病主要與肺結核鑒別。
若肺部陰影呈結節狀或球形，應與肺部良惡性腫瘤相鑒別。