其臨床表現亦多樣化。潛伏期數天至20年，大多在1年內。按其侵犯的主要器官不同，臨床上可分為4型：
1.胸肺型 肺為衛氏肺并殖吸蟲(chóng)最常寄生部位，咳嗽、血痰、胸痛最為常見(jiàn)，典型的痰為棕褐色可持續數年。如伴肺組織壞死則呈爛桃樣血痰，當肺并殖吸蟲(chóng)移行入胸腔時(shí)，可引起胸痛，滲出性胸膜炎或胸膜肥厚。四川并殖吸蟲(chóng)引起胸痛、胸腔積液較多，而咳嗽血痰較少。
2.腹型 以腹痛、腹瀉、肝腫大為主要表現。腹痛以右下腹痛最多見(jiàn)，輕重不一。可有腹瀉棕褐色膿血便，里急后重，臍周有壓痛，偶可捫及結節或腫塊。蟲(chóng)體在腹腔移行可引起腹腔積液或廣泛炎癥粘連。四川并殖吸蟲(chóng)常侵入肝臟，在肝內形成嗜酸性肉芽腫。
3.結節型 以皮下或肌肉結節最多見(jiàn)，約20%的衛氏并殖吸蟲(chóng)病患者有此征象。多位于下腹至大腿間皮下肌肉。結節內可見(jiàn)成蟲(chóng)蟲(chóng)卵、嗜酸性細胞和夏科-雷登結晶。四川并殖吸蟲(chóng)病主要表現是游走性，皮下結節或包塊，其發(fā)生率50%～80%，結節和包塊1～6cm大小，好發(fā)部位為腹壁，其次為胸壁、腰背及大腿內側。
4.胸型 多見(jiàn)于兒童與青少年。早期可有頭痛、嘔吐、腦膜刺激征和顱內高壓表現，稍后有癲癇、幻視、感覺(jué)異常等定位癥狀。侵犯脊髓則有脊髓受壓、下肢感覺(jué)、運動(dòng)異常，尿潴留，截癱等癥狀。
根據流行病學(xué)資料，尤其是到過(guò)流行地區并有吞食活的囊蚴機會(huì );有上述臨床表現，胸部X線(xiàn)征象，嗜酸性細胞增高，應考慮診斷。痰、糞便、皮下結節的活檢找到蟲(chóng)卵或蟲(chóng)體可確診。免疫學(xué)檢查對病原體檢查陰性者有診斷意義。

由于肺并殖吸蟲(chóng)臨床表現復雜，易誤診。應注意與肺結核、肺部腫瘤、結核性胸膜炎、腹膜炎、腦腫瘤等鑒別。