馬內菲青霉病常隱匿發(fā)病，潛伏期難以估計，臨床上本病分為病灶型與進(jìn)行播散型：
1.病灶型 原發(fā)病灶與真菌入侵門(mén)戶(hù)有關(guān)。由于病原主要由呼吸道入侵，因此原發(fā)癥狀主要在肺，臨床表現似肺結核，極易誤診。也可無(wú)癥狀或者有癥狀而被潛在疾病掩蓋。
2.進(jìn)行播散型 臨床表現復雜。主要累及肺、肝、腸、淋巴結、扁桃體、皮膚、骨、骨髓、腎和脾等器官。其中尤以肺和肝受累最多且嚴重。可有典型癥狀，突然發(fā)病，高熱、寒戰、食欲減退，進(jìn)行性消瘦，全身淋巴結腫大，肝脾大，咳嗽，心包炎，貧血、白細胞升高及播散性膿腫等。皮膚損害是播散型馬內菲青霉病的臨床特征，常成為播散型病例首先引起注意的體征。皮損常見(jiàn)于面部、軀干上部及上肢，皮損種類(lèi)多樣，可出現丘疹、斑丘疹、結節、壞死性丘疹、傳染性軟疣樣丘疹、痤瘡樣損害、毛囊炎及潰瘍等。有人認為壞死性丘疹是本病最特征性的表現，隆起于皮膚的丘疹中央發(fā)生壞死，壞死處凹陷呈臍窩狀。皮損中容易查到馬內菲青霉，對臨床診斷很有幫助。
本菌的廣泛存在及侵犯臟器的多樣性，使得診斷非常困難。患者為散發(fā)罕見(jiàn)病例，更增加了診斷的難度。楊氏總結以下幾點(diǎn)可供診斷時(shí)參考：
1.機體免疫功能低下及野外活動(dòng)接觸疫源為病情診斷線(xiàn)索。
2.臨床表現 發(fā)熱、畏寒、咳嗽、咳痰、消瘦乏力、肝和脾及淺淋巴結腫大、皮疹、皮下結節或膿腫等。病情的復雜多樣性為其特點(diǎn)之一。
3.白胞顯著(zhù)增多，不同程度的貧血。
4.各種抗生素無(wú)效。
5.血清學(xué)檢驗有PM的特異性抗體，血PM免疫擴散試驗陽(yáng)性有助診斷。
6.病理標本可有上述3大特征表現。
7.真菌培養出的PM為雙相菌，并要能與莢膜組織胞漿菌鑒別。

需與莢膜組織胞漿菌病鑒別。取病變組織進(jìn)行培養鑒定，則可完全區別。