1.原發(fā)性膽汁性肝硬化與AIH在臨床癥狀和實(shí)驗室檢查方面有相似之處，但多見(jiàn)于中年女性，以乏力、黃疸、皮膚瘙癢為主要表現，肝功能檢查堿性磷酸酶、γ-谷氨酰轉肽酶明顯增高，血清總膽固醇、三酰甘油、低密度脂蛋白可增高，免疫球蛋白以IgM增高為突出。血清抗線(xiàn)粒體抗體M2為疾病特異性抗體，病理上出現膽管上皮損傷炎癥、膽管消失及匯管區肉芽腫有助于該病的診斷。
2.原發(fā)性硬化性膽管炎是以肝內、外膽道系統廣泛炎癥和纖維化為顯著(zhù)特點(diǎn)，多見(jiàn)于中青年男性，常伴潰瘍性結腸炎，84%的患者ANCA陽(yáng)性，但不具特異性。膽管造影可見(jiàn)肝內外膽管狹窄與擴張相間而呈串珠狀改變，診斷需除外腫瘤、結石、手術(shù)、外傷等繼發(fā)原因，病變僅累及肝內小膽管時(shí)診斷需靠組織學(xué)檢查，典型改變?yōu)槔w維性膽管炎。
3.急、慢性病毒性肝炎也可發(fā)生高球蛋白血癥和出現循環(huán)自身抗體,但抗體滴度較低并且持續時(shí)間短暫,檢測血清病毒抗原、抗體對鑒別很有幫助。
4.酒精性脂肪性肝炎有飲酒史，多以血清IgA水平升高為主，雖可出現ANA和SMA陽(yáng)性,但一般滴度較低，且很少出現抗LKM1和PANCA陽(yáng)性。
5.藥物性肝損害多有服用特殊藥物史，停藥后肝臟異常可完全消失，一般不會(huì )發(fā)展為慢性肝炎，病理組織學(xué)檢查出現小葉或腺泡區帶的壞死、嗜酸性粒細胞浸潤、單純性淤膽、肉芽腫型肝炎、肝細胞脂肪變等能提示藥物性肝損害。但須注意有些藥物可誘發(fā)自身免疫反應，臨床表現及實(shí)驗室檢查與AIH極為相似，鑒別需依靠病理學(xué)以及停藥后的病情緩解或恢復等。