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甲狀腺激素抵抗綜合癥（SRTH）的確切病因不清楚，絕大多數(shù)是由于甲狀腺激素受體基因發(fā)生突變。最常見的是甲狀腺激素受體基因核苷酸發(fā)生變化或者缺失，使甲狀腺激素受體的氨基酸順序發(fā)生變化，導(dǎo)致受體結(jié)構(gòu)和功能的變化，對(duì)甲狀腺激素發(fā)生抵抗或不敏感。其次為甲狀腺激素受體數(shù)目減少，導(dǎo)致甲狀腺激素作用減弱。還有甲狀腺激素受體后作用發(fā)生障礙，也可引起甲狀腺激素抵抗綜合癥（SRTH）。